针对刚遇到的tomcat单独启动成功，但是在eclipse启动tomcat就报错问题作出总结如下：
软件版本：
1. eclipse版本
① Luna Service Release 2(4.4.2) 64位
② Helios Service Release 2 64位
2. tomcat版本
①apache-tomcat-6.0.14
②apache-tomcat-6.0.35
3. JDK版本
jdk1.6.0_45 64位
错误详情：
1. tomcat启动失败，错误提示：
java.lang.ClassNotFoundException: org.apache.catalina.startup.Bootstrap
2. 换另外一个版本的Eclipse启动报错：
端口8005，8080，8009被占用，在这里要补充说明一下，我检查了任务管理器，没有多余的进程，也没有发现使用这几个端口的应用
错误排查过程：
1. 首先检查jdk环境变量 （没问题）
2. eclipse版本和jdk版本是否匹配 （都是64位没有问题）
3. 从外部单独启动tomcat服务 （没问题）
4. 重启网关 （重启后还是报相同的错误，所以排除）
5. tomcat服务配置CLasspath->User Entries下bootstrap.jar包引用 （没问题）
6. 创建tomcat服务选择的tomcat版本和使用的tomcat版本是否匹配 （没问题）
最终解决成功方案：
在网上找了各种eclipse启动tomcat报错问题，什么端口被占用，找不到主类，都试过但是都没有解决，最后我就把从问题的最根源部分分析
1. 首先，eclipse、jdk、tomcat全部用纯净版的（即从压缩包解压出来，之前都没有用过）
2. 环境变量删除重建
3. 重建工作空间
4. eclipse重新引用jdk、jre，重新配置tomcat服务
再次启动tomcat居然就成功了，当时觉得很神奇，困扰了几天的环境问题就这样解决了，仔细分析后发现，出现这样错误是因为我不同版本的eclipse的工作空间都指向了一个目录，导致发生版本冲突，低版本的eclipse跟高版本的不能使用同一个工作空间，至此问题终于解决，特记录于此。