机器学习-Deconvolution在生物信息学中的应用(对血液以及淋巴细胞进行亚群的预测和分类)

生物医学中常见的问题: 

how we know the tissue specific cell type?

how we know the exactly cell type from a bunch of bulk data?

basic analysis flow:

the basic principle:

 

the specific steps:

 

some key words:

NGS Next-generation sequencing

二代测序
NMF Non-negative matrix factorization

非负矩阵因子分解

NNML Non-negative maximum likelihood 

非负矩阵因子相似性

RMSE Root-mean-square error

标准误

ES Enrichment score

富集分数
GSEA Gene set enrichment analysis

基因集的富集分析

ssGSEA Single-sample gene set enrichment analysis 

单样本的基因集的富集分析

SVR Support vector regression

支持向量回归

LDA Latent Dirichlet allocation

中文叫做文档主题生成模型,主要在机器学习中用来生成和分析大规模文档集(document collection)或语料库(corpus)中潜藏的主题信息。

 一篇review中所涉及的在生物信息领域分类或者预测细胞亚型的软件和代码,分析方法;

 

The Prediction of MCP counter method: 

我们可以看出颜色为多的就是预测准确的比例,大部分的celltype都有比较完整色域,可推测比较准确的预测性能;

但是还需更多的测试,因为很多软件都是因为细胞类型或者是marker基因matrix过少而显得比较有局限性

总结:掌握好deconvolution的机器学习底层方法和原理,及其在不同情况下的使用策略。

只有好好的理解了才能更好的用这些tools来分析自己的数据,同时找准一个媒介来实现它(no matter R or python) 

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转载自www.cnblogs.com/beckygogogo/p/9849322.html