①Use workspace metadata (does not modify Tomcat installation)
②Use Tomcat installation (takes control of Tomcat installation)
③Use custom location (does not modify Tomcat installation)
其中:
①和③默认的目录：
Server path：.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0 （其中①的此项是灰色的改不了，③可改）
Deploy path：wtpwebapps （①和③都可改）
②默认的目录：
Server path：D:\tomcat7 (此目录是你自己刚才手动添加sever的tomcat目录)
Deploy path：wtpwebapps
注：.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0此目录在你eclipse启动时打开的工作空间（Workspace）的目录，而不是eclipse或tomcat的安装目录，也不是部署在tomcat的某个应用项目的路径中。
我启动eclipse打开的目录是E:\testEclipse，所以此目录的全路径是：
E:\testEclipse\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0
测试：
项目目录结构：
web项目所在硬盘目录（Workspace）：
1.发布目录选择②
Server path：D:\tomcat7
Deploy path：wtpwebapps
启动后发布到tomcat的wtpwebapps目录下D:\tomcat7\wtpwebapps：
web项目名myweb，在WebContent目录下新建了index.jsp,a.html,index.html等文件。
a. 在浏览器中输入localhost:8080 结果：可见tomcat小猫主页。（结果同Eclipse内置的Internal Web Browser）
b. localhost:8080/myweb 结果：可见index.html，如果没有index.html，然后再依次看看有没有index.htm、index.jsp如果有就显示，没有就报404的错。（结果同Eclipse内置的Internal Web Browser）
这是由web.xml里的<welcome-file-list>标签控制的。
web.xml可在WEB-INF目录或你配置在Eclipse中的tomcat中目录下，WEB-INF目录下的web.xml会覆盖Eclipse中的tomcat中目录下的web.xml（如下图），WEB-INF目录下没有web.xml就以tomcat中目录下的web.xml为标准。如下图，此web.xml能在本地硬盘的Workspace目录E:\testEclipse\Servers\Tomcat v7.0 Server at localhost-config中找到。
c.不能访问WEB-INF目录下的页面（结果同Eclipse内置的Internal Web Browser）
d.如果Server和WEB-INF下的web.xml都没有配置<welcome-file-list>：
1.浏览器（或Internal Web Browser）访问http://localhost:8080/，报错404，
2.访问http://localhost:8080/myweb/ ，还是报错404，
3.此时就必须直接访问页面比如http://localhost:8080/myweb/a.html；
4.WEB-INF目录下的页面http://localhost:8080/myweb/WEB-INF和http://localhost:8080/myweb/WEB-INF/webIndex.jsp
依然都不能访问到；
e.如果只在WEB-INF下的web.xml中配置<welcome-file-list>，Server下的web.xml不配置：
1.浏览器（或Internal Web Browser）访问http://localhost:8080/，报错404
2.访问http://localhost:8080/myweb/ ，正常（按<welcome-file-list>配置的顺序显示页面）(由于缓存需要刷新多次页面)
3.WEB-INF目录下的页面http://localhost:8080/myweb/WEB-INF和http://localhost:8080/myweb/WEB-INF/webIndex.jsp
依然都不能访问到；
f.如果只在Server下的web.xml中配置<welcome-file-list>，WEB-INF下的web.xml不配置：
1.浏览器（或Internal Web Browser）访问http://localhost:8080/，结果正常显示tomcat主页。
2.访问http://localhost:8080/myweb/ ，正常（按<welcome-file-list>配置的顺序显示页面）
3.WEB-INF目录下的页面http://localhost:8080/myweb/WEB-INF和http://localhost:8080/myweb/WEB-INF/webIndex.jsp
依然都不能访问到；
g.没有WEB-INF下的web.xml，但有Server下的web.xml：结果同f
h.没有Server下的web.xml，但有WEB-INF下的web.xml：结果无法启动项目.
Could not load the Tomcat server configuration at \Servers\Tomcat v7.0 Server at localhost-config. The configuration may be corrupt or incomplete.
Resource '/Servers/Tomcat v7.0 Server at localhost-config/web.xml' does not exist.
i.只有tomcat——右键——Add and Remove——Remove之后再tomcat——右键——clean才能删除发布在wtpwebapps目录下的myweb应用目录，除此之外Project——clean、直接tomcat——右键——clean都不能删除myweb应用目录，此目录由tomcat——右键——Add and Remove——And之后再tomcat——右键——clean创建，
Project——clean并不能创建或删除此目录。
2.发布目录选择①
Server path：.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0
Deploy path：wtpwebapps
项目发布到了目录下：E:\testEclipse\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0\wtpwebapps
发布目录tmp0目录下的子目录和tomcat中的目录很相似：
其中conf目录就是Server（tomcat）里的配置文件：
a.浏览器和eclipse内置的Internal Web Browser访问http://localhost:8080/，结果：报错404
（分析：此目录毕竟不是tomcat下的原目录，此链接访问的tomcat主页只有在tomcat下才有）
b.访问http://localhost:8080/myweb/ 的结果就和②相同了。
c.仍然不能在浏览器或eclipse内置的Internal Web Browser访问WEB-INF目录下的页面。
d.如果Server和WEB-INF下的web.xml都没有配置<welcome-file-list>：
1.浏览器（或Internal Web Browser）访问http://localhost:8080/，报错404，
2.访问http://localhost:8080/myweb/ ，还是报错404，
3.此时就必须直接访问页面比如http://localhost:8080/myweb/a.html；
4.WEB-INF目录下的页面http://localhost:8080/myweb/WEB-INF和http://localhost:8080/myweb/WEB-INF/webIndex.jsp
依然都不能访问到；
e.如果只在WEB-INF下的web.xml中配置<welcome-file-list>，Server下的web.xml不配置：
1.浏览器（或Internal Web Browser）访问http://localhost:8080/，报错404
2.访问http://localhost:8080/myweb/ ，正常（按<welcome-file-list>配置的顺序显示页面）(由于缓存需要刷新多次页面)
3.WEB-INF目录下的页面http://localhost:8080/myweb/WEB-INF和http://localhost:8080/myweb/WEB-INF/webIndex.jsp
依然都不能访问到；
f.如果只在Server下的web.xml中配置<welcome-file-list>，WEB-INF下的web.xml不配置：
1.浏览器（或Internal Web Browser）访问http://localhost:8080/，报错404。
2.访问http://localhost:8080/myweb/ ，正常（按<welcome-file-list>配置的顺序显示页面）
3.WEB-INF目录下的页面http://localhost:8080/myweb/WEB-INF和http://localhost:8080/myweb/WEB-INF/webIndex.jsp
依然都不能访问到；
g.没有WEB-INF下的web.xml，但有Server下的web.xml：结果同f
h.没有Server下的web.xml，但有WEB-INF下的web.xml：结果无法启动项目
Could not load the Tomcat server configuration at \Servers\Tomcat v7.0 Server at localhost-config. The configuration may be corrupt or incomplete.
Resource '/Servers/Tomcat v7.0 Server at localhost-config/web.xml' does not exist.
i.只有tomcat——右键——Add and Remove——Remove之后再tomcat——右键——clean才能删除发布在wtpwebapps目录下的myweb应用目录，除此之外Project——clean、直接tomcat——右键——clean都不能删除myweb应用目录，此目录由tomcat——右键——Add and Remove——And之后再tomcat——右键——clean创建，
Project——clean并不能创建或删除此目录。
3.发布目录选择③（此处的Server path不能和①和②相同，否则Eclipse会提示无法保存）
我就干脆把Server path和Deploy path都改了，Server path改为任意目录进行测试：
（1）每次tomcat——右键——clean时创建如下（左边）目录（project——clean时不会删除这些目录）（对比①的发布目录（右边））：
并把myweb发布到webapps目录下：
（2）发布目录并不是没有java代码，而是在D:\test\test\webapps\myweb\WEB-INF\classes\servlet目录中，编译成了class文件：
（3）只有在tomcat——Add and Remove——Remove之后，再tomcat——clean 才会删除myweb目录，其他目录不会删除。
测试结果同2.发布目录选择①
最后
总结：
1.不管是①的发布到E:\testEclipse\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0\wtpwebapps
还是②的发布到D:\tomcat7\wtpwebapps，都能在浏览器或者eclipse内置的Internal Web Browser中的http://localhost:8080/myweb/下访问到myweb中的页面，但是直接访问http://localhost:8080时②通且①报错404。
2.tomcat停止以后，E:\testEclipse\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0\wtpwebapps和D:\tomcat7\wtpwebapps下的myweb目录会在tomcat7——右键——clean时被删除。
3.tomcat默认的部署目录为webapps，但Eclipse默认部署目录为wtpwebapps。
4.浏览器和Eclipse内置的Internal Web Browser访问链接的结果是一样的。
5.WEB-INF目录下的页面在浏览器中是访问不到的。
6.Sever下的web.xml和WEB-INF下的web.xml只要任意一个存在且配置了<welcome-file-list>标签，访问http://localhost:8080/应用名 的时候就能按照此标签内的页面顺序显示，
但是并不代表页面不能访问，可以用页面直接访问http://localhost:8080/应用名/页面名
7.Sever和WEB-INF下的web.xml都没配置<welcome-file-list>时，访问http://localhost:8080 会报错404，
访问http://localhost:8080/应用名 也会报错404。
总结成表格，显示更清晰：
根据部署在tomcat还是Eclipse的Workspace目录下的wtpwebapps：
根据WEB-INF和Server下的web.xml是否配置<welcome-file-list>标签：
参考（以我上述实际实验为准）：
http://www.cnblogs.com/alamps/p/6278768.html