st.tl.cci.run 和 st.tl.cci.run_cci 方法在 use_label 参数方面的作用，这是针对 Spatial Transcriptomics 数据中的 Cell-Cell

st.tl.cci.run 和 st.tl.cci.run_cci 方法在 use_label 参数方面的作用，这是针对 Spatial Transcriptomics 数据中的 Cell-Cell Interaction（细胞间相互作用）分析的。

1. use_label 参数的作用：

   • 在 st.tl.cci.run 方法中，设置了 use_label 参数会加权逻辑回归分数（LR scores），使得在细胞异质性较高的区域，其分数更高。这意味着在这些区域，相互作用的预测结果会更强调。
   • 这个参数会影响细胞间相互作用分析的结果，特别是对于那些细胞类型多样性较高的区域，会更加关注其相互作用的可能性。

2. st.tl.cci.run_cci 中的细胞注释信息：

   • 在 st.tl.cci.run_cci 方法中，细胞的注释信息（cell annotation information）被用来确定通过某个逻辑回归分数与哪些细胞类型之间存在相互作用。
   • 意味着该方法会根据细胞类型来判断哪些细胞类型之间可能发生相互作用。

3. 提供细胞类型信息的影响：

   • 如果在两个分析点同时提供了细胞类型信息，也就是在 st.tl.cci.run 和 st.tl.cci.run_cci 中都使用了细胞类型信息，作者猜测会减少在细胞类型较少（即细胞异质性较低）的组织区域中的相互作用预测。
   • 这可能会减少同一种细胞类型之间发生相互作用的情况，因为算法更倾向于考虑异质性更高的区域，而不太强调相同细胞类型之间的相互作用。

总的来说，use_label 参数在细胞间相互作用分析中被使用来加权逻辑回归分数，而在两个分析点提供细胞类型信息可能会影响最终相互作用预测的结果，特别是对于组织中细胞类型异质性不同的区域。