下载安装bcftools
见如下命令:
bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf
注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip
如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式
下载安装bcftools
见如下命令:
bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf
注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip
如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式