bcftools提取指定区段的vcf文件(extract specified position) bcftools将vcf生成bgzip和index格式

下载安装bcftools

见如下命令:

bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf

  注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip

如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式

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