1シータ（\（\シータ\））
中性ライトフィッシャーモデル（中性ライトフィッシャー・モデル）、スケールパラメータの下で集団遺伝学、
\（\シータ= 4N \ムー\）
各変異についての世代の倍の数を平均します。ここで、\（N \）は有効集団サイズ（有効集団サイズ）、\（で \ MU \） 各個々の突然変異の発生率（用クラインら、1999）。
2 Wattersonの推定
Watterson GA（1975）理論個体群7：256から276
カールソンCS、ら。（2005）ゲノムRES 15：1553から1565
\（\シータ= \ FRAC {S} {\ sum_ {I = 1} ^ {N-1} \ FRAC {1} {N} \）
ここで、（S \）は\、\別のサイト（サイトを分離）の数である（nは\）個体数です。
2.1コンピューティング
vcftools --vcf geno.vcf --SNPdensity 100000
\（\ theta_w = \ FRAC {SNP \ _COUNT} {\和\ FRAC {1} {1} + \ FRAC {1} {2} + ... + \ FRAC {1} {N-1}} \）
3ヌクレオチドの多様性
ネイM、李WH（1979）PNAS 76：5269から5273
カールソンCS、ら。（2005）ゲノムRES 15：1553から1565
\（\ PI = \ sum_ {IJ} X_I X - jが\ pi_ {IJ} \）
ここで、\（X_I \）最初の\（I \）周波数シーケンス最初の\（I \）配列のため、\（π_{IJ} \）と\（J \）のヌクレオチド配列間の差異について数（ヌクレオチド差の数）。
3.1コンピューティング
vcftools --vcf geno.vcf --site- PI vcftools --vcf geno.vcf --window-PI 100000 --window-PI-ステップ25000