1.(格子付き)米国鉱物ミネラルCIFからデータベースをダウンロード
2. CIFセルは、MSを導入しました
3.ボールを選択し、ビューの表示スタイルにこだわります
4.ボタンは、債券を追加間違っているかどうかを確認します。必要に応じて補完Hとして、このステップの前に
手動で各原子力場のタイプを指定します
(群から選択される元素の特徴的な第一のタイプせず)を選択そのような編集原子セレクションH
編集編集セット - 新(セットの定義)
変更フォースフィールドタイプ原子 - から選択されたビュー・探検・プロパティエクスプローラー・フィルター(原子の最初のセットをクリックしてください)
次にセットを編集し、そのようなO、OHおよびそれらの判定OB(さらにH)、CTRL選択ずつ原子選択として、種類を区別するための他の要素が挙げられます。
6.すべてのキーと良く、原子の種類の良い定義した後、細胞増殖
ビルド対称-スーパー
7.ここではMSの最適化モジュールは、かかわらず、私はまだ使用できない場合、またはGULP Forciteモジュール力場不断の努力を通じての、私たちは、直接ファイルをエクスポート
[ファイル] - Export-選択car.cor形式(2つのエクスポートされたファイル)
8でサーバー花王アカウントのフォルダを作成します(フォルダの名前と次の2つのファイル名によって導かれなければならない、大文字と小文字を区別する)、およびそれらへのkao.carのkao.cor
9.私は、同じディレクトリに花王フォルダに北京バッグfrc_files情報に訓練を受けました
10.コンパイルmsi2lmp.exe(最初にあなたがパスの束を記述する必要はありませんアカウントでサーバー上でこのフォルダを見つけるために)
CD LAMMPS分子動力学シミュレーション技術と応用 - 24〜パワー・パンサー-20190322北京 - 代替プロファイル\のバックアップ材\ lammps-12Dec18 \ツール\ msi2lmp \ SRC
作ります
msi2lmp.exeを生成するためのツール
11.作業ディレクトリ花王を入力してください
CD /
/home/zhangll/LAMMPS分子动力学模拟技术与应用-焦豹-20190322~24北京-备用资料\备用材料\lammps-12Dec18\tools\msi2lmp\src//msi2lmp.exe kao -class I -frc clayff -i -ignore > out.log
(因为还没有设置环境变量,所以只能用绝对路径调用msi2lmp.exe命令
生成后kao文件夹会有data生成,可检查一下data力场对不对,不对的话检查一下frc_files里面的clayff.frc参数准不准。
12.生成的data是没有电荷信息的,根据我们之前在VMD测试的charge.tcl方法,得到每种元素电荷后,在in文件中设置。