OPLSAA 力場パラメーターの迅速なモデリング — MS+Moltemplate

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主なコラムは次のとおりです:
  †"LAMMPS のヒント": ‾ \textbf{ \underline{\dag"LAMMPS のヒント":}} LAMMPSのヒント」 主に分子動力学の使い方を紹介します ( L ammps LammpsL amm p s ) シミュレーション関連のインストール チュートリアル、原理、およびシミュレーションのヒント (難易度:★ \bigstar )
  ††「LAMMPS インスタンス チュートリアル — ファイル詳細説明」: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag"LAMMPS インスタンス チュートリアル — ファイル詳細説明":}} †† LAMMPSインスタンス チュートリアル- In File の詳細説明」 :主に分子動力学の使い方を紹介します ( L ammps LammpsL amm p s ) を使用して、関連する物理プロセス シミュレーションをシミュレートします。(含む: 熱伝導率の計算、一定圧力での比熱容量の計算、難易度:★ \bigstarビッグスタービッグスター )
  †††"Lampps プログラミング スキルと後処理スキル": ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag"Lamps プログラミング スキルと後処理スキル":}} ††† ランププログラミングのヒントとポストプロセッサのヒント」 :分子シミュレーションの動的過程(トラジェクトリファイル)の事後相関処理解析を中心に紹介(ある程度のプログラミング能力が必要。難易度:★\bigstar)ビッグスタービッグスタービッグスタービッグスター)。
  ††††《分子動力学後処理統合関数—Matlab》: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag《分子動力学後処理統合関数—Matlab》:}} †††† "Molecular Dynamics Postprocessing Integrated Function —Matlab " :主に、後処理プロセスで指定された関数のパッケージ化を紹介します。これは、ユーザーが直接呼び出すのに便利です (一定のプログラミング能力が必要です。難易度: ★\ bigstarビッグスタービッグスタービッグスター)。
  †††††"SCI Paper Drawing—Python Drawing Common Templates and Techniques": ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag\dag"SCI Paper Drawing—Python Drawing Common Templates and Techniques": }} ††††† SCI Paper Drawing - Common Templates and Techniques for Python Drawing」 :主に処理されたデータの視覚化を紹介し、対応する図面テンプレートを提供します (一定のプログラミング能力が必要です。難易度: ★ \bigstarビッグスタービッグスタービッグスター)。
  ††††††「分子シミュレーション - Ovito レンダリング ケース チュートリアル」: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag\dag\dag "分子シミュレーション - Ovito レンダリング ケース チュートリアル": }} †††††† 「分子シミュレーション- Ovitoレンダリング ケース チュートリアル」 :主に O vito を使用\rm OvitoOvitoソフトウェア、ランプ \ rm ランプレンダリング用にLammpsによって生成された軌跡ファイル(難易度:★ \bigstarビッグスター)。

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♠\スペードスーツ †\日オープンソースの後処理統合プログラム: 列「LAMMPS 後処理 - MATLAB サブ関数コレクション」
♠ \spadesuit †\日 † \日カスタムの後処理プログラムについては、メールでお問い合わせください:[email protected] \rm lammps\[email protected][email protected]


1. MSで分子構造を描く

MS で必要な分子構造を描画します。もちろん、他のチャネルから PDB ファイルを取得して MS に読み込むこともできます。

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2. OPLSAA力場ファイルに従って原子力場を設定します

1.OPLSAA力場

OPLSAA 力場ファイルでは、各原子が番号で番号付けされた TYPE に対応していることがわかります。独自の原子構造に従って、対応する TYPE 番号を見つけます。

OPLSAA ファイルのダウンロード
リンク:クリックしてください
抽出コード: 1x9o

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2. OPLSAA 力場での原子質量との照合

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3. MS で対応する原子番号に設定

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3. ランプが読めるデータファイルに変換

Lammps ディレクトリにある小さなプログラムがここで使用されます: ./lammps/tools/msi 2 lmp .exe \rm ./lammps/tools/msi2lmp.exe./lammps/tools/msi2lmp.exe

マニュアルに従ってコマンドを実行するので、ここでは詳しく説明しません (テスト データ ファイルはtest . data \rm test.dataであることに注意してください)。テストデータ
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4. Moltemplate 独自のツールを使用して Lt ファイルを生成する

1.LTファイルを生成する

モルテンプレート公式サイトリンク

マニュアルP64 P64P 64ページは詳細な紹介を提供する
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ので、ここで直接実行できます: (test.data \rm test.datatest.dataファイル)
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2.LTファイル構造

実行後、対応するLT \rm LTを生成しますLTファイル:M ol . lt \rm Mol.ltモルト
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5. OPLSAA 力場を導入し、Moltemplate を実行します。

1.Moltemplate を実行する

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Moltemplate.sh system.lt

2. 対応する力場ファイルを生成します

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転載: blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/127913687