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主なコラムは次のとおりです:
†"LAMMPS のヒント": ‾ \textbf{ \underline{\dag"LAMMPS のヒント":}} † 「LAMMPSのヒント」 :主に分子動力学の使い方を紹介します ( L ammps LammpsL amm p s ) シミュレーション関連のインストール チュートリアル、原理、およびシミュレーションのヒント (難易度:★ \bigstar★ )
††「LAMMPS インスタンス チュートリアル — ファイル詳細説明」: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag"LAMMPS インスタンス チュートリアル — ファイル詳細説明":}} †† 「LAMMPSインスタンス チュートリアル- In File の詳細説明」 :主に分子動力学の使い方を紹介します ( L ammps LammpsL amm p s ) を使用して、関連する物理プロセス シミュレーションをシミュレートします。(含む: 熱伝導率の計算、一定圧力での比熱容量の計算、難易度:★ \bigstar\ビッグスター\ビッグスター★ )
†††"Lampps プログラミング スキルと後処理スキル": ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag"Lamps プログラミング スキルと後処理スキル":}} ††† 「ランププログラミングのヒントとポストプロセッサのヒント」 :分子シミュレーションの動的過程(トラジェクトリファイル)の事後相関処理解析を中心に紹介(ある程度のプログラミング能力が必要。難易度:★\bigstar)\ビッグスター\ビッグスター\ビッグスター\ビッグスター★)。
††††《分子動力学後処理統合関数—Matlab》: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag《分子動力学後処理統合関数—Matlab》:}} †††† "Molecular Dynamics Postprocessing Integrated Function —Matlab " :主に、後処理プロセスで指定された関数のパッケージ化を紹介します。これは、ユーザーが直接呼び出すのに便利です (一定のプログラミング能力が必要です。難易度: ★\ bigstar\ビッグスター\ビッグスター\ビッグスター★)。
†††††"SCI Paper Drawing—Python Drawing Common Templates and Techniques": ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag\dag"SCI Paper Drawing—Python Drawing Common Templates and Techniques": }} ††††† 「SCI Paper Drawing - Common Templates and Techniques for Python Drawing」 :主に処理されたデータの視覚化を紹介し、対応する図面テンプレートを提供します (一定のプログラミング能力が必要です。難易度: ★ \bigstar\ビッグスター\ビッグスター\ビッグスター★)。
††††††「分子シミュレーション - Ovito レンダリング ケース チュートリアル」: ‾ \textbf{ \underline{\dag\dag\dag\dag\dag\dag "分子シミュレーション - Ovito レンダリング ケース チュートリアル": }} †††††† 「分子シミュレーション- Ovitoレンダリング ケース チュートリアル」 :主に O vito を使用\rm OvitoOvitoソフトウェア、ランプ \ rm ランプレンダリング用にLammpsによって生成された軌跡ファイル(難易度:★ \bigstar\ビッグスター★)。
列の説明 (購読すると、対応する列のすべてのブログ投稿を参照できます): ‾ \color{red}{\textbf{ \underline{列の説明 (購読すると、対応する列のすべてのブログ投稿を参照できます):} }} 列の説明 (購読した後、対応する列のすべてのブログ投稿を閲覧できます) :
注: \color{red} 注:注:単一のブログ投稿のみを購読したい場合は、ブロガーのメールボックスに連絡して相談してください。[email protected] \rm lammps\[email protected][email protected]
♠\スペードスーツ♠ †\日†オープンソースの後処理統合プログラム: 列「LAMMPS 後処理 - MATLAB サブ関数コレクション」
♠ \spadesuit♠ †\日† † \日†カスタムの後処理プログラムについては、メールでお問い合わせください:[email protected] \rm lammps\[email protected][email protected]
記事ディレクトリ
1. MSで分子構造を描く
MS で必要な分子構造を描画します。もちろん、他のチャネルから PDB ファイルを取得して MS に読み込むこともできます。
2. OPLSAA力場ファイルに従って原子力場を設定します
1.OPLSAA力場
OPLSAA 力場ファイルでは、各原子が番号で番号付けされた TYPE に対応していることがわかります。独自の原子構造に従って、対応する TYPE 番号を見つけます。
OPLSAA ファイルのダウンロード
リンク:クリックしてください
抽出コード: 1x9o
2. OPLSAA 力場での原子質量との照合
3. MS で対応する原子番号に設定
3. ランプが読めるデータファイルに変換
Lammps ディレクトリにある小さなプログラムがここで使用されます: ./lammps/tools/msi 2 lmp .exe \rm ./lammps/tools/msi2lmp.exe./lammps/tools/msi2lmp.exe
マニュアルに従ってコマンドを実行するので、ここでは詳しく説明しません (テスト データ ファイルはtest . data \rm test.dataであることに注意してください)。テストデータ)
4. Moltemplate 独自のツールを使用して Lt ファイルを生成する
1.LTファイルを生成する
マニュアルP64 P64P 64ページは詳細な紹介を提供する
ので、ここで直接実行できます: (test.data \rm test.datatest.dataファイル)
2.LTファイル構造
実行後、対応するLT \rm LTを生成しますLTファイル:M ol . lt \rm Mol.ltモルト
5. OPLSAA 力場を導入し、Moltemplate を実行します。
1.Moltemplate を実行する
Moltemplate.sh system.lt
2. 対応する力場ファイルを生成します