共局在化データと環境の準備
1. データの準備
eqtl-GWAS の共局在化を行う必要がある場合は、薬物ターゲットのチュートリアルに従って、eqtl データを smr ディレクトリに配置する必要があります。
ローカル データを含む純粋な GWAS-GWAS の共局在化の場合は、それをテンプレート SNP形式に整理する必要があり、chr、pos、samplesize が必要です
オンライン データの GWAS は、ieugwasr および gwasglue パッケージを使用して処理されます。
ダウンロード後にローカル データにサンプルサイズ列がない場合は、次のコードを使用して追加できます。
サンプルサイズをローカル データに追加する
add_samplesize("文件名.txt", 10000)
2. R パッケージ環境の準備
MendelR を 6.0 以降にアップグレードした後、prepare_colocalization() メソッドを使用して、
主に次の関連する R パッケージを準備できます
。 snpStats (SNP データの分析に使用)
coloc (共局在化用のメイン R パッケージ、ベイジアンを使用)メソッド)
locuscomparer (視覚化パッケージ)
ieugwasr (mrbase データベースからデータを抽出するためのインターフェイス)
gwasglue (オンライン IEU データの処理)
prepare_colocalization()#准备共定位相关的包
MendelR パッケージは、上記 2 つの手法によるデータの前処理と、各種境界条件の判定とプロンプトを統合したパッケージであり、使用時にローカル データがある場合は、作業ディレクトリにデータを準備し、1 行のコードで目的の結果を分析します。
具体的な使用方法については、次を参照してください。
eQTL-GWAS ワンクリック分析
mr_coloc_eqtl2gwas("HMGCR", "ieu-a-300")
1. データの準備
1.eqtl データ、smr ディレクトリに保存
2.オンラインとローカルに分かれた gwas データ、
オンライン データはいかなる方法でも処理する必要がなく、コードには互換性があるため、
ローカル データはテンプレート SNP形式 に従って編成する必要があり、chr、pos、samplesize が必要です。
プロセス：
1. eqtl データまたは遺伝子 SNP のこの部分から
2. SNP のこの部分に基づいて、オンライン データまたはローカル データの範囲に対応する SNP を取得します
3.データをcoloc形式に整理します
4.結腸の分析と視覚化を実行する
3. パラメータの説明
?mr_coloc_eqtl2gwas使用法: smr ワンクリック分析のコードに似ています
以下の点に特別な注意を払う必要があります。
gwas_type: gwas 表現型のタイプ cc はカテゴリ変数、quant は連続変数
gwas_s: ケース/サンプルサイズの比率を表します (例: case1000、samplesize200000、s=1000/200000=0.005)
eqtl_samplesize: eqtl データのサンプル サイズ、デフォルト eqtlGen 31864
三、共定位引用
locuscomparer画图：
https://github.com/boxiangliu/locuscomparer
locuscompareを使用する場合は、次の論文を引用してください。Nature Genetics
Boxiang Liu、Michael J. Gloudemans、Abhiram S. Rao、Erik Ingelsson、Stephen B. Montgomery (2019) 遺伝子発現との豊富な関連性が GWAS 追跡調査を複雑にする、Nature Genetics
coloc
https://github.com/chr1swallace/coloc
四、図例説明
左側の図は、GWAS および QTL -log10(p) の SNP の分布を示しています。p 値が小さいほど、Y 軸よりも高くなります。右側の 2 つの別の表は、QTL と GWAS の分布を示しています
。縦軸は
GWAS/QTL データ中の SNP の -log10(p) 値を表し、値が大きいほど p 値が小さくなり、リード SNP が先頭になります。
R2 は、特定の SNP と対応する集団内のリード SNP の間の連鎖の度合いです。
データ内のSNPの連鎖不平衡を主に表示します
マークされたSNPは、2つのデータのうちPPH4の最大値です 具体的には、各SNPにはH1～H4に相当するデータがあります 共局在データにマークされたrsidを確認してください結果
. は 2 つのデータ、つまり leadSNP の pval の合計の最小値です。