シングルセル空間マッピング法 DSTG

DSTG を実行するには、まずライブラリをインポートする必要があります

実行してみると、ライブラリのバージョンに大きな問題があることが分かりました。要件内の要件はすべてオリジナルのライブラリです。バージョンは次のとおりです。バージョンを 1 つずつ確認する必要があります。新しい環境 networkx を作成するのが最善です
2.2
サイピー
1.1.0
セットアップツール40.6.3
ナンピー
1.15.4
テンソルフロー==1.15.2

環境構築にはまだ多くの問題があり、ここで 3.6 を試しましたが、pandas にしようとすると chinamap のインポートに失敗するため、良い感じではありませんでした。

今、それは 3.7 での試みです
conda install tensorflow -y
conda install scipy==1.1.0 -y
conda install jupyter Notebook -y
conda install ipykernel -y
conda install networkx -y
conda install sklearn -y
ここではバージョンは指定されていません。 「Run together」と 1 行で記述する必要があり、
ここに設定した環境を書き込む必要があります。

python -m ipykernel install --user --name=DSTG-env2 --display-name='環境 (DSTG-env2)'

  1. 一部のライブラリのバージョンがアップグレードされています。たとえば、tensorflow ではバージョンを変更するために次のコード行が必要です。
// tf版本不对的问题,会有app报错
import tensorflow.compat.v1 as tf
  1. ユーティリティは Python からダウンロードされないため、読み取るには DSTG ディレクトリに入る必要があります。
// 这里会用到os模块,需要更改路径读取
import os
os.getcwd()
os.chdir('/home/shpc_100862/xyh_desktop/DSTG/DSTG-main/DSTG/')

3.tfパラメータの変更

// 会报错没有f
tf.app.flags.DEFINE_string('f', '', 'kernel')

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転載: blog.csdn.net/coffeeii/article/details/126813829