前に書いた
【この絵の描き方】 一連の絵はすべてVIP群
生徒さんからの質問です。ツイートはあくまで絵の転載であり、作者が絵の形に同意しているわけではありません。学生は、グループ内の興味深い写真を分析することを歓迎します。
今号の写真
❝「タイトル:」骨粗鬆症における代謝関連遺伝子のタイピング特性
「ジャーナル:」フロント。薬理学。
「どい:」 https://doi.org/10.1016/j.eja.2022.126692
❞
絵を読む
❝発現差ボックス プロットは、3 つのアイソフォーム間の GPR31、GATM、DDB2、ARMCX1、RPS6、BTBD3、ADAMTSL4、COQ6、B3GNT2、および CD9 遺伝子の発現レベルの差を表します。
❞
特にない。前に描かれたボックス プロット:
結果を再現する
サンプルデータとコード集
点赞
、在看
この記事は、友達の輪で共有し集赞30个
、保留30分钟
スクリーンショットをWeChatに送信してmzbj0002
受け取ってください。
「Chuzhou Notes 2022 VIPは無料で受け取ることができます」 .
❝❞
木舟笔记永久VIP
注: 2022 年は間もなく過ぎ去ります。読者や友人の便宜のために、現在は価格で発売されています169¥
。2022VIP
差額を支払うだけでアップグレードできます。木舟笔记永久VIP
このアカウントのすべてのリソースをお楽しみください (限定コースを除く)。VIP プランは今後開始されません。
Muzhou Notes 2022 VIPプラン
「権利と利益:」
「2022」慕州ノート全ツイートサンプルデータとコード(「VIPグループでリアルタイム更新」)。
データ+コード Muzhou Notes 「科学研究交流グループ」 .
「半額」購入
跟着Cell学作图系列合集
(無料チュートリアル+コード集)|セルをたどって学ぶデッサンシリーズ集.
"通行料金:"
「99円/人」 . mzbj0002
WeChat:転送、または記事の最後に直接報酬を追加できます。
描く
# loda data ana preprocess
mRNA <- read.csv("All_mRNA_FPKM.csv",header=T,row.names=1)
#log2
bar_mat <- t(log2(mRNA+1))
# group info
anno <- read.csv("sample_index.csv",header=T,row.names=1)
anno$type2 <- anno$Type
anno <- anno[rownames(bar_mat),]
bar_mat <- bar_mat[rownames(anno),]
bar_mat<- as.data.frame(bar_mat)
bar_mat$sam <- anno$Type
## plot
library(RColorBrewer)
library(ggpubr)
library(ggplot2)
bar_mat$sam<-factor(bar_mat$sam,levels=c("C1","C2","C3","C4"))
# comparisons
my_comparisons <- list(c("C1", "C2"),
c("C1", "C3"),
c("C1", "C4"))
# gene list
gc <- head( colnames(bar_mat), -1)
#开始批量绘制
plist<-list()
for (i in 1:length(gc)){
bar_tmp<-bar_mat[,c(gc[i],"sam")]
colnames(bar_tmp)<-c("Expression","sam")
pb1<- ggplot(data = bar_tmp,aes(x = sam,
y = Expression ,
fill = sam))+
scale_fill_manual(values = mycol[c(7,5,3,1)]) +
geom_violin(alpha = 0.4, position = position_dodge(width = .75),
size = 0.8, color="black") +
geom_boxplot(notch = TRUE, outlier.size = -1,
color="black", lwd=0.8, alpha = 0.7) +
geom_point(shape = 21, size=2,
position = position_jitterdodge(),
color="black", alpha = 1) +
theme_bw() +
ylab("Log12(FPKM+1)") +
xlab(gc[i]) +
theme(axis.text.x = element_text(size = 12, color = "black"),
axis.ticks = element_line(size=0.2, color="black"),
axis.ticks.length = unit(0.2, "cm"),
legend.position = "none",
panel.background = element_blank(),
panel.grid = element_blank(),
axis.title = element_text(size = 12),
axis.text = element_text(size = 12)) +
stat_compare_means(method="t.test",hide.ns = F,comparisons =my_comparisons,label="p.signif")
plist[[i]]<-pb1
}
# cowplot
library(cowplot)
p <- plot_grid(plotlist = plist, ncol = 5)
## save
ggsave("boxplot1208.pdf",width = 14,height = 20)
前のコンテンツ
CNS チャートの再現 | 生体情報分析 | R Drawing Resource Sharing & Discussion Group!
グループ学生の手紙 | Front Immunol | 血清プロテオームに基づく早期診断マーカーのスクリーニングのための簡単なルーチン