こんにちは、鄧飛ですHaploviewを使ったハプロタイプ解析について紹介します。
計画は次の 3 つの記事に分かれています。
- パート 1: Haploview Haplotype チュートリアル 1 – ソフトウェアのインストール
- パート 2: Haploview ハプロタイプ チュートリアル 2 - 分析チュートリアル
- パート 3: Haploview ハプロタイプ チュートリアル 3 – 結果の解釈
今日はその第一弾。
ハプロビューが行ったことは次のとおりです。
以下は LDblockShow の結果です。2
つの結果は一致しています。
Haploview は GUI インターフェイスであるため、マウスでクリックできるため、より簡単です。
1. ソフトウェアのダウンロード
公式サイト： https: //www.broadinstitute.org/haploview/downloads#JAR
Windows システム:
Linux システム:
2. Java 環境を構成する
https://www.java.com/zh-CN/download/
ダウンロードしてインストールした後、端末で java を実行すると、設定が成功したことを示すヘルプ ドキュメントが表示されます。
2.1 Windows システム
cmd ターミナルを開き、java と入力すると、構成が成功したことを示す次のインターフェイスが表示されます。
2.2 Linux システム
ターミナルを開いて java と入力すると、次のインターフェイスが表示され、構成が成功したことが示されます。
3. Windows のインストール
インストール後、HaploView ソフトウェアを開きます。
ソフトウェアを開きます。
4. Linux のインストール
ターミナルで、次のコマンドを入力します。
java -jar Haploview.jar
インターフェイスが表示されます。
以上がソフトウェアのインストールです。
次の記事では、データ分析の実践的な方法を紹介します。
次の記事では、Haploview の結果を解釈する方法と結果を微調整する方法を紹介します。
引き続きご注目よろしくお願いします。