MATLAB | Reproducción de dibujos (12) | Gráfico de Sankey + gráfico de burbujas

Oye, la reproducción del dibujo ha llegado al número duodécimo y está a la vuelta de la esquina para llegar a 100, hiahiahia, reprodujémoslo hoy.

• Yu, W., Wang, Z., Yu, X. et al. El potencial de membrana mediado por Kir2.1 promueve la adquisición de nutrientes y la inflamación mediante la regulación de los transportadores de nutrientes. Nat Comuna 13, 3544 (2022).

El diagrama i de la Fig. 1 en este artículo probablemente se vea así:

Aquí generamos datos de puntos aleatoriamente y el efecto se ve así:

El documento original se puede descargar en la siguiente dirección:

• https://www.nature.com/articles/s41467-022-31149-y.pdf

Este artículo utiliza las herramientas utilizadas en mis artículos anteriores. Agregue las dos herramientas siguientes a la ruta o colóquelas en la carpeta donde se encuentra el archivo m:

• https://slandarer.blog.csdn.net/article/details/130430147
• https://slandarer.blog.csdn.net/article/details/127719784

Si le resulta problemático, puede ir directamente al final del artículo y descargarlo del repositorio de gitee. ! ! ! ! !

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1 diagrama de Sankey

Crea un eje a la izquierda y dibuja un diagrama de Sankey. Para facilitar la comprensión, los comentarios están escritos con más detalle:

1.1 Crear parte del código para el área de coordenadas.

clc;clear;close all;rng(32)
% sankeyBubble
fig=figure('Name','sankey bubble','Units','normalized','Position',[.05,.05,.44,.85],'Color','w');

ax1=axes('Parent',fig,'Position',[1/20,1/15,2.8/5-1/20,1-1.6/15]);
ax1.NextPlot='add';

1.2 Generar aleatoriamente código de parte de datos

LSet='ABCDEFGH';
links={
    
    '','',''};
for i=1:length(LSet)
    tLinks=[compose([char(LSet(i)+32),'%d'],(1:5)'),...
            num2cell(char(LSet(i).*ones(5,1))),num2cell(rand(5,1).*10)];   
    links=[links;tLinks];
end
for i=1:6
    links=[links;
        [char('A'+32+randi([0,7],[1,1])),...
        num2str(randi([1,5],[1,1]))],...
        char('A'+randi([0,7],[1,1])),...
        num2cell(rand(1,1).*10)];
end
links(1,:)=[];

1.3 Código de dibujo real

% 创建桑基图对象(Create a Sankey diagram object)
SK=SSankey(links(:,1),links(:,2),links(:,3));

% 修改对齐方式(Set alignment)
% 'up'/'down'/'center'(default)
SK.Align='down';

SK.Sep=.12;

% 设置颜色(Set color)
SK.ColorList=[slanCM(134,40);slanCM(134,8)];

% 修改链接颜色渲染方式(Set link color rendering method)
% 'left'/'right'/'interp'(default)/'map'/'simple'
SK.RenderingMethod='simple'; 

% 开始绘图(Start drawing)
SK.draw();

for i=1:48
    SK.setLabel(i,'FontSize',12)
end

Para un uso más detallado del diagrama de Sankey, vaya al siguiente enlace para obtenerlo:

• https://slandarer.blog.csdn.net/article/details/130430147

Las siguientes imágenes están implementadas por la herramienta de diagrama Sankey que escribí, puedes echar un vistazo ~

La combinación de colores utiliza slanCMel conjunto de herramientas que escribí:

• https://slandarer.blog.csdn.net/article/details/127719784

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2 Crea ejes a la derecha.

2.1 Posicionamiento de ejes

Debido a que estamos generando datos aleatoriamente, no sabemos qué tan ancho será realmente el lado derecho. Si queremos alinearlo, necesitamos obtener el rango de datos y calcular dónde deben estar los ejes en el lado derecho:

PatchSet=findobj(ax1,'Type','Patch');
Patch2Y=ones(0,4);
for i=length(PatchSet):-1:1
    if PatchSet(i).XData(1)==2
        Patch2Y=[Patch2Y;PatchSet(i).YData(:)'];
    end
end

%% ========================================================================
% 构建右侧坐标区域并基础修饰
Patch2Lim=max(max(Patch2Y))-min(min(Patch2Y));
ax2=axes('Parent',fig,'Position',[2.8/5+1/80,1/15,1.5/5-1/20,Patch2Lim./diff(ax1.YLim).*(1-1.6/15)]);
ax2.YLim=[min(min(Patch2Y)),max(max(Patch2Y))];

2.2 Modificación de ejes rectos

La herramienta que escribí a la izquierda tendrá sus propias modificaciones, por lo que solo necesito modificar el lado derecho ~

ax2.NextPlot='add';
ax2.Box='on';
ax2.YTick=[];
ax2.TickDir='out';
ax2.LineWidth=1;
ax2.FontName='Times New Roman';
ax2.FontSize=11;
ax2.YDir='reverse';
ax2.XLim=[-0.6,2.4];
ax2.XTick=-0.5:0.5:2;
ax2.XLabel.String='-Log(Pvalue)';
ax2.XLabel.FontSize=14;
ax2.XLabel.FontWeight='bold';

tMap=slanCM(20,64);
colormap(tMap(33:end,:))

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3 dibujo de gráfico de burbujas

3.1 Generación de datos aleatorios

% 随便编了点数据
NLogPvalue=linspace(2,-0.3,8);
PatchMeanY=(Patch2Y(:,2)+Patch2Y(:,3)).'./2;
Count=randi([1,8],[1,8]);
HitRatio=0.1+0.4.*rand([1,8]);

3.2 Dibujar gráficos de burbujas y ajustar el tamaño de las burbujas

bubblechart(NLogPvalue,PatchMeanY,Count,HitRatio)
bubblesize([15,30])

3.3 Dibujar barra de colores y leyenda

% 绘制颜色条
CMPHdl=colorbar;
CMPHdl.Position=[4.3/5,1/15+Patch2Lim./diff(ax1.YLim).*(1-1.6/15)./2,1/40,Patch2Lim./diff(ax1.YLim).*(1-1.6/15).*0.4];
text(ax2,ax2.XLim(2)+diff(ax2.XLim).*0.12,ax2.YLim(1)+diff(ax2.YLim).*0.05,'Hit Ratio',...
    'FontSize',14,'FontName','Times New Roman','FontWeight','bold')

% 绘制图例
LGDHdl=bubblelegend;
LGDHdl.Position=[4.2/5,1/15,1/40,Patch2Lim./diff(ax1.YLim).*(1-1.6/15).*0.4];
LGDHdl.Box='off';
text(ax2,ax2.XLim(2)+diff(ax2.XLim).*0.12,ax2.YLim(1)+diff(ax2.YLim).*0.65,'Count',...
    'FontSize',14,'FontName','Times New Roman','FontWeight','bold')

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4 código completo

clc;clear;close all;rng(32)
% sankeyBubble
fig=figure('Name','sankey bubble','Units','normalized','Position',[.05,.05,.44,.85],'Color','w');

ax1=axes('Parent',fig,'Position',[1/20,1/15,2.8/5-1/20,1-1.6/15]);
ax1.NextPlot='add';

LSet='ABCDEFGH';
links={
    
    '','',''};
for i=1:length(LSet)
    tLinks=[compose([char(LSet(i)+32),'%d'],(1:5)'),...
            num2cell(char(LSet(i).*ones(5,1))),num2cell(rand(5,1).*10)];   
    links=[links;tLinks];
end
for i=1:6
    links=[links;
        [char('A'+32+randi([0,7],[1,1])),...
        num2str(randi([1,5],[1,1]))],...
        char('A'+randi([0,7],[1,1])),...
        num2cell(rand(1,1).*10)];
end
links(1,:)=[];

% 创建桑基图对象(Create a Sankey diagram object)
SK=SSankey(links(:,1),links(:,2),links(:,3));

% 修改对齐方式(Set alignment)
% 'up'/'down'/'center'(default)
SK.Align='down';

SK.Sep=.12;

% 设置颜色(Set color)
SK.ColorList=[slanCM(134,40);slanCM(134,8)];

% 修改链接颜色渲染方式(Set link color rendering method)
% 'left'/'right'/'interp'(default)/'map'/'simple'
SK.RenderingMethod='simple'; 

% 开始绘图(Start drawing)
SK.draw();

for i=1:48
    SK.setLabel(i,'FontSize',12)
end

PatchSet=findobj(ax1,'Type','Patch');
Patch2Y=ones(0,4);
for i=length(PatchSet):-1:1
    if PatchSet(i).XData(1)==2
        Patch2Y=[Patch2Y;PatchSet(i).YData(:)'];
    end
end

%% ========================================================================
% 构建右侧坐标区域并基础修饰
Patch2Lim=max(max(Patch2Y))-min(min(Patch2Y));
ax2=axes('Parent',fig,'Position',[2.8/5+1/80,1/15,1.5/5-1/20,Patch2Lim./diff(ax1.YLim).*(1-1.6/15)]);
ax2.YLim=[min(min(Patch2Y)),max(max(Patch2Y))];
ax2.NextPlot='add';
ax2.Box='on';
ax2.YTick=[];
ax2.TickDir='out';
ax2.LineWidth=1;
ax2.FontName='Times New Roman';
ax2.FontSize=11;
ax2.YDir='reverse';
ax2.XLim=[-0.6,2.4];
ax2.XTick=-0.5:0.5:2;
ax2.XLabel.String='-Log(Pvalue)';
ax2.XLabel.FontSize=14;
ax2.XLabel.FontWeight='bold';

tMap=slanCM(20,64);
colormap(tMap(33:end,:))

% 随便编了点数据
NLogPvalue=linspace(2,-0.3,8);
PatchMeanY=(Patch2Y(:,2)+Patch2Y(:,3)).'./2;
Count=randi([1,8],[1,8]);
HitRatio=0.1+0.4.*rand([1,8]);

bubblechart(NLogPvalue,PatchMeanY,Count,HitRatio)
bubblesize([15,30])

% 绘制颜色条
CMPHdl=colorbar;
CMPHdl.Position=[4.3/5,1/15+Patch2Lim./diff(ax1.YLim).*(1-1.6/15)./2,1/40,Patch2Lim./diff(ax1.YLim).*(1-1.6/15).*0.4];
text(ax2,ax2.XLim(2)+diff(ax2.XLim).*0.12,ax2.YLim(1)+diff(ax2.YLim).*0.05,'Hit Ratio',...
    'FontSize',14,'FontName','Times New Roman','FontWeight','bold')

% 绘制图例
LGDHdl=bubblelegend;
LGDHdl.Position=[4.2/5,1/15,1/40,Patch2Lim./diff(ax1.YLim).*(1-1.6/15).*0.4];
LGDHdl.Box='off';
text(ax2,ax2.XLim(2)+diff(ax2.XLim).*0.12,ax2.YLim(1)+diff(ax2.YLim).*0.65,'Count',...
    'FontSize',14,'FontName','Times New Roman','FontWeight','bold')

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encima

Lo anterior es el contenido completo de este artículo. Requiere el uso de dos kits de herramientas escritos por mí. Si eres demasiado vago para obtener los códigos uno por uno, puedes ir al siguiente repositorio de gitee para obtener todos los códigos:

https://gitee.com/slandarer/PLTreprint/