"Presentamos V.PhyloMaker, un paquete disponible gratuitamente para R diseñado para generar filogenias para plantas vasculares". (Yi Jin, Hong Qian).
V.PhyloMaker es un paquete de recursos para R que almacena la información filogenética de decenas de miles de plantas vasculares. V.PhyloMaker fue desarrollado por el profesor Jin Yi de la Facultad de Ciencias de la Vida de la Universidad Normal de Guizhou y otros. Cubre la información básica de 74.533 especies de plantas vasculares y brinda comodidad a los usuarios que desean evitar la tediosa búsqueda de datos de genes/proteínas . para construir un árbol filogenético.
1. En Rstudio, ingrese el siguiente comando para instalar el paquete devtools:
install.packages("devtools")
# 用于便捷地安装下面的三个包2. En Rstudio, ingrese el siguiente comando para instalar los tres paquetes de V.PhyloMaker, plantlist y decipher:
devtools::install_github("jinyizju/V.PhyloMaker")
devtools::install_github("helixcn/plantlist")
devtools::install_github("topics/decipher")3. En Rstudio, ingrese el siguiente comando para generar el archivo de información almacenado en el árbol filogenético:
library("picante")
library("V.PhyloMaker")
library("plantlist")
speciesData = read.table(<这里是物种信息存放的csv文件，每行一个物种名>, header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1, quote = "")
speciesList = rownames(speciesData)
speciesInfo = subset(TPL(speciesList), select = c("YOUR_SEARCH", "POSSIBLE_GENUS", "FAMILY"))
colnames(speciesInfo) = c("species", "genus", "family")
speciesTree = phylo.maker(sp.lis = speciesInfo)
finalTree = speciesTree $scenario.3
write.tree(finalTree, <系统发生树信息导出的文件名，以.tre结尾>)
# 本段代码参考了原始文献：V.PhyloMaker: an R package that can generate very large phylogenies for vascular plants.4. Después de esto, hay dos opciones:
①: Procesamiento de software local (tomando FigTree como ejemplo)
1. Instale el entorno java requerido por el software FigTree;
2. Instale el software FigTree;
3. Abra el archivo .tre generado anteriormente con FigTree.
②: Procesamiento en línea:
1. Cargue el archivo .tre en https://itol.embl.de/
2. Procesamiento posterior del árbol filogenético.
Referencias:
[1] Rainforest Classroom. V.PhyloMaker: La práctica de construir árboles filogenéticos de plantas vasculares. CSDN-rainforestist/article/details/124144148
[2]Yi Jin, Hong Qian. V.PhyloMaker: un paquete R que puede generar filogenias muy grandes para plantas vasculares. ECOGRAFÍA.
[3] Wang Leihong, Wang Canhui, Zhang Hualian, et al. Estructura filogenética de la comunidad de pecanas en la Reserva Natural Jinzhai Tianma [J] Journal of Northeast Forestry University, 2020, 48(7):5.
[4] Liu Lele. Método de análisis de la señal del pedigrí y comparación independiente del pedigrí del análisis funcional del código de rasgos. Blog Garden-liulele/p/14604938