1.リサンプリング
医療画像前処理時には、多くの場合、データをリサンプリングする必要があり、我々は、サンプルを拡張する必要があります。医用画像および物理的寸法は、対応する実空間であるため。例えば、ボクセルサイズは0.97ミリメートル0.97ミリメートル2.5ミリメートル、我々はボクセルサイズ1ミリメートル1ミリメートル1ミリメートルにサンプルブロックしたいされ、これは、さらなる処理をすることができます。使用sitk
この作業を完了するために。
2.コード
import SimpleITK as sitk
"""
resample
"""
def resampleVolume(outspacing,vol):
"""
将体数据重采样的指定的spacing大小\n
paras:
outpacing:指定的spacing,例如[1,1,1]
vol:sitk读取的image信息,这里是体数据\n
return:重采样后的数据
"""
outsize = [0,0,0]
inputspacing = 0
inputsize = 0
inputorigin = [0,0,0]
inputdir = [0,0,0]
#读取文件的size和spacing信息
inputsize = vol.GetSize()
inputspacing = vol.GetSpacing()
transform = sitk.Transform()
transform.SetIdentity()
#计算改变spacing后的size,用物理尺寸/体素的大小
outsize[0] = int(inputsize[0]*inputspacing[0]/outspacing[0] + 0.5)
outsize[1] = int(inputsize[1]*inputspacing[1]/outspacing[1] + 0.5)
outsize[2] = int(inputsize[2]*inputspacing[2]/outspacing[2] + 0.5)
#设定重采样的一些参数
resampler = sitk.ResampleImageFilter()
resampler.SetTransform(transform)
resampler.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)
resampler.SetOutputOrigin(vol.GetOrigin())
resampler.SetOutputSpacing(outspacing)
resampler.SetOutputDirection(vol.GetDirection())
resampler.SetSize(outsize)
newvol = resampler.Execute(vol)
return newvol
def main():
#读文件
vol = sitk.Image(sitk.ReadImage("input.mha"))
#重采样
newvol = resampleVolume([1,1,1],vol)
#写文件
wriiter = sitk.ImageFileWriter()
wriiter.SetFileName("output.mha")
wriiter.Execute(newvol)