samtools faidx

$ samtools faidx t1.fa && エコー " 建てfaidx " 

$ 猫t1.fa.faiの
scaffold332      2588     13       100      101 
scaffold322      8291     2640     100      101 
scaffold342      24194    11027    100      101 
scaffold191      43246    35476    100      101 
scaffold1157     21100    79169    100      101 

$ samtools faidx t1.fa scaffold332 > scaffold332.faの

$の猫 scaffold332.fa | ヘッド - 4
> scaffold332 
TTCTGTGAGATCTCTCTGAAAAATAATTGAGAAATCAAGATATTTCAAGCTTTCAGTAAA 
AAGGTGAGGCGGAGAATGGAAAAGTGAAAAATTCAGAAGGAACTTGTTCCTAGATTACAG 
AGCAGTTTTAAAAATGAGGTAGACATCGGATAAGAAAACAGACCTCAGAAATGCCTAGGA 

 の$ 猫 scaffold332.fa | テール - 4 
 CATTTGAGAGTAATTTCTAATACATGCAAGCCTTTGAACAGATGCTACATAAGACAGTCA 
 GAAGCAATTTCTTAAAAAAAATAAAACAAGCACCCCCCAAACCCCAAAGCACCCACTGAG 
 ACCTCAGTACGGCACAATGCTTAAGCATCTGCTCGAGCTTAGTTTCAGTACTTGTTAGGT 
CACACTGA

 

最初の列名：列の名前、「>」のみ残して、最初の空白の前に内容。

第二カラム長：BP単位の配列の長さ。

第3列は、オフセット：オフセットの最初の塩基を、0から統計の改行をカウントを開始、行の値GFFファイルのmRNA開始

第四列LINEBASES：最後の行を除いて、他の行は塩基、BPユニットのシーケンス番号を表します。

第5列線幅：線幅、最終行、改行、Windowsシステム内の改行を含む他の代表の線路長配列以外は、R \ nを、2配列の長さに基づいて追加されることを\ています。