具体例突然変異見つける5ワンステッププロセス
samtools markdup操作の適切な順序を
- ファイルが既に注文した名前である場合は、最初のソートは省略することができます
samtools sort -n -o namesort.bam example.bam
なければなら-n省略できません
- 後で使用するためにmarkdupのMSとMCのタグを追加
samtools fixmate -m namesort.bam fixmate.bam
-m小さくありません
- Markdupは、位置の順序を必要とします
samtools sort -o positionsort.bam fixmate.bam
- 最後に、重複をマーク
samtools markdup positionsort.bam markdup.bam