[電源を入れる] Fstとインデックス
http://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71513099より転載
そしてhttp://blog.sina.com.cn/s/blog_4ab0b3390102viol.html
集団遺伝学--Fst指数、すなわち、群間の分化のための光度比分析間の区別。
集団遺伝学集団間の分化の程度を測定するための指標は、多くありますが、最も一般的なのはFstのインデックスです。F統計量の進化からのFSTインデックス、。F統計量（FIS、FIT、FST）3があります。軌跡が、GST、差次因子遺伝子（遺伝子分化係数、GST）を用いて測定する必要がある場合FSTは、対立遺伝子の対のための複数の対立遺伝子の存在です。
Sと仮定すると、ローカルグループ、週のk番目の地域相対的なサイズ（比率）。1つの遺伝子座では、i番目QK（I）のk番目のローカル集団対立遺伝子頻度は、ヘテロ接合体の頻度は、HKをOBSD。次いで、所望の集団が所望の雑種集団の全集団にわたって、平均HS上ハイブリッド周波数の集団であるヘテロ接合体頻度の平均HI、で観察された全体の人口は、それぞれ、HTの周波数：
FISは、HI HSに対する減少量、即ち、地域社会の同系交配の平均係数の比です。
FST、HSは、地域間の遺伝的関係の近親交配の平均係数を有する、即ち、HT比の量と比較して低減されます。
ここで、HS：所望の平均周波数ハイブリッドHT理想集団群：所望の周波数ハイブリッドの集団全体にわたるグループ
FIT、HI HTに対する減少量、すなわち、グループ全体の同系交配の平均係数の比です。
目に見える、数3の関係は次のとおりです。
配偶子の分析、FITとFSTの関係は対立遺伝子のペアを運ぶために全体の人口と地域社会と同等である遺伝的観点から二つの配偶子の2つのローカルグループからの相同の確率、およびFSTは同じのランダムに選択されています確率源。2つの配偶子のランダムな選択に2つのローカルグループから高い確率相同である、示されたその分化のローレベルと同様、2つのローカルグループの遺伝的組成、分化のアンチセンス高度。
範囲のFST [0,1]、1の最大値は、完全に分化し、対立遺伝子は、地元住民に固定されていることを示しています。
最小値は、集団間には区別がない、まったく同じ地元住民の、異なる遺伝子構造を意味し、0です。
FST（固視標）は、一般集団との間の遺伝的距離を測定するために使用されます。1は、2人の人口は完全に独立して示しています。2人の人口の間で0説明無料異種交配。FSTの値が大きく、説明遠い遺伝的距離です。低い値は、遺伝的変異の大部分は同じ集団で発生したことを示します。
ライトは、実際の研究は、FSTが0〜0.05であることが示唆された：小さな間の遺伝的分化、考慮されない場合があります。
0.15、集団間の遺伝的分化の適度なレベルにFST 0.05。
FST 0.15〜0.25、大きな遺伝的分化の間に、
FSTは、集団間の遺伝的分化がたくさんある、0.25以上です。
パイは、主に各部位のヌクレオチド発散を測定するために使用されます。
これらのパラメータは、同じvcftoolsによって計算することができます。
vcftools：
Tenera --out vcftools --vcf test.vcf --window-PI 3000
vcftools --vcf test.vcf --TajimaD 3000 --out Tenera
vcftools --vcf test.vcf --weir-FST-POP A2.txt --weir-FST-POP A134567.txt --fst・ウィンドウ・サイズ3000 --out A2.all.Fst