Steiger Test は逆因果関係を回避します
以下の sreiger 検定法は、追加後の操作変数抽出の堅牢性を向上させる新しい方法論です。それ以外の場合、記事の内容には影響しません。
自分のニーズに応じてください。分析プロセス中に、GWAS データにサンプルサイズがなく、このコンテンツが必要な場合は、続行する前にサンプルサイズを自分で増やしてください。
曝露 A -> 結果 B のメンデルランダム化因果関係分析では、SNP と曝露 A の相関関係は結果 B の相関よりも大きくなります。そうでない場合は、逆の因果関係が発生します。つまり、SNP を曝露の操作変数として使用することはできません (メンデルの排他性に関する 3 つの主要な仮定)
暴露の操作変数を抽出するプロセスで、結果に大きく関連する SNP をフィルタリングすることに加えて (コードのデフォルトは 5e-5)
Steiger Test 統計を導入すると、SNP のこの部分を除外できます。
シュタイガー テストの役割:
1. SNP と結果の間の相関関係が曝露量よりも大きいかどうかをテストする
2. この検査で不合格となった SNP は曝露に関連していない可能性があるため、分析前にスクリーニングする必要があります。
コードの使用法:
psych パッケージからの r.test
MendelR をバージョン 6.0 にアップグレードする