MatlabツールNIFTIパッケージの基本機能
Nifti 形式はもともと神経画像処理のために発明されました。Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIFTI) は、ANALYZE7.5 形式の代わりに NIfTI 形式をプリセットしました。元々の応用分野は神経画像化でしたが、他の分野でも使用されています。この形式の主な特徴は、各ボクセルのインデックス (i、j、k) をその空間位置 (x、y、z) に関連付ける 2 つのアフィン座標が含まれていることです。
NIfTI および ANALYZE 用ツールのイメージ ツールキットの基本機能：（
基本プログラムは公式 Web サイトで提供されています。ご自身で使用するために保存してください）
URL: https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image
インストールパッケージ:
リンク: https://pan.baidu.com/s/132B9mbzeli8MvRD6rMpA6A
抽出コード: 1vw3
NIFTI のインストール方法については、リンクを参照してください:
https://blog.csdn.net/Alexa_/article/details/132351998?spm=1001.2014.3001.5501
1.load_untouch_header_only.m : NIfTI または ANALYZE ファイルのヘッダー部分のみをロードします。入力ファイルは自動的に検出されます。NIfTI ファイルは NIfTI 構造を返し、ANALYZE ファイルは ANALYZE 構造を返します。
2.load_nii.m : N 次元の NIfTI ファイル (N は 3 ～ 7) または ANALYZE ファイル (N は 3 ～ 4) をロードし、ヘッダー情報 (アフィン幾何学的変換、ボクセル強度スケーリングなど) を適用します。、など）をデータに追加します。ファイルが 3 次元を超える場合 (時系列など)、範囲を指定して 1 つ以上のボリュームのみを抽出することもできます。
3. save_nii.m : 「load_nii.m」によってロードされた、または「make_nii.m」によって作成された N 次元 NIfTI 構造体 (N は 3 ～ 7) を NIfTI ファイルに保存します。
4. make_nii.m : N 次元行列およびその他のオプションのパラメーター (voxel_size、origin など) に従って、N 次元 NIfTI 構造 (N は 3 ～ 7) を作成します。「save_nii」コマンドを使用すると、「make_nii」で生成されたNIfTI構造体をNIfTIファイルに保存できます。
5. make_ana.m : 3D マトリックスおよびその他のオプションのパラメーター (voxel_size、origin など) に従って 3D ANALYZE 構造を作成します。「make_ana」によって生成された ANALYZE 構造は、一部の ANALYZE 専用プログラムとの互換性を確保するために、「save_untouch_nii」コマンドを使用して ANALYZE ファイルに保存できます。
6. reslice_nii.m : 3D (または 4D) NIfTI ファイルをリサンプリングするか、.mat ファイル内のアフィン行列 M の ANALYZE ファイルを使用し、リサンプリングされたデータを新しい NIfTI ファイルに保存します。プログラムはアフィン行列に基づいています。これは、「load_nii.m」を使用してロードできない、非直交回転やせん断を伴う斜めの画像に特に役立ちます。voxel_size などを指定することもできますが、これによる悪影響はありません。「reslice_nii.m」を使用した後にスライス時間の補正を行わないように注意してください。
7. Pad_nii.m : 発信元、ボクセル サイズ、データ タイプ、および説明を変更せずに、NIfTI 構造の 6 つの側面のいずれかからボリュームをパディングします。新しいボリュームのディメンションが異なる可能性が高いため、このプログラムは reslice_nii を使用した後に特に役立ちます。
8. Clip_nii.m : 発信元、ボクセル サイズ、データ タイプ、および説明を変更せずに、6 つの側面のいずれかから NIfTI 構造内のボリュームをクリップします。新しいボリュームのディメンションが異なる可能性が高いため、このプログラムは reslice_nii を使用した後に特に役立ちます。
9. view_nii.m : 「load_nii.m」によってロードされた、または「make_nii.m」によって作成された 3D (または 4D) NIfTI または ANALYZE 構造を表示および編集します。アクティベーション マップ、ROI などを背景画像の上に重ね合わせることができます (上の画像を参照)。プロット ビューは、既存のグラフィックス ウィンドウに埋め込むことができます。スタンドアロン プログラムとして使用する場合は、画像の方向とボクセル値を編集したり、ボリューム ヒストグラムを表示したり、変更した画像を保存したりすることもできます。
10.load_untouch_nii.m : N 次元の NIfTI ファイル (N は 3 ～ 7) または ANALYZE ファイル (N は 3 ～ 4) をロードしますが、タイトルに示されている変更は適用しません。警告: 「load_untouch_nii.m」によってロードされた構造を表示するために「view_nii.m」を使用しないでください。
11. save_untouch_nii.m : 「load_untouch_nii.m」または「make_ana.m」によってロードされたファイルを新しい NIfTI または ANALYZE ファイルに保存します。ロードされたデータセットが変更されていない場合、新しく保存されたファイルのヘッダーとデータは元のファイルと同じである必要があります。
その他のプログラム:
1.collapse_nii_scan.m : 複数のシングルスキャン NIfTI または ANALYZE ファイルをマルチスキャン NIfTI ファイルに統合します。
2. Expand_nii_scan.m : マルチスキャン NIfTI ファイルを複数のシングルスキャン NIfTI ファイルに展開します。
3. save_untouch_slice.m :load_untouch_nii でロードされた部分スライスを元のイメージに保存します。次元が変わらない限り、これらのスライスされた行列を好きなように扱うことができます。
4. get_nii_frame.m : NIfTI ファイルのタイムフレーム番号を返します。
5.flip_lr.m : NIfTI または ANALYZE ファイルをオリジネーターを通る平面に沿って左右に反転し、LR 反転したデータを NIfTI ファイルに保存します。警告: この手順は慎重に行ってください。ただし、いつでも元に戻すことができます。
6.load_nii_ext.m : NIfTI ファイルからヘッダ拡張子をロードします。
7. mat_into_hdr.m : 古い SPM .mat ファイルのアフィン行列を .hdr ヘッダー ファイルに統合します。したがって、ANALYZE ファイルは、更新された .hdr ヘッダー ファイルを含む NIfTI ファイルに変換されます。