R言語とパラメータ最適化、バッチシミュレーションに基づいたAPSIMモデルの高度なアプリケーション

デジタル農業とスマート農業の発展に伴い、プロセスベースの農業生産システムモデルは、作物の反応と気候変動への適応、農地管理の最適化、作物の品種と植物の種類の選択、農地の炭素隔離と温室効果ガス排出のシミュレーションにおいて重要な役割を果たしています。ますます重要な役割を果たします。APSIM (Agriculture Production Systems sIMulator) モデルは、世界的に有名な作物生育シミュレーション モデルの 1 つです。APSIM モデルには、クラシックと次世代の 2 つのモデル シリーズがあり、数十の作物、牧草地、樹木の土壌、植物、大気のプロセスをシミュレートでき、精密農業、水と肥料の管理、気候変動、食品で広く使用されています。安全保障、土壌炭素代謝回転、環境への影響、農業の持続可能性、農業生態学、その他農業生産や科学研究に関連する多くの分野。APSIM モデルのコア アルゴリズムは Fortran 言語に基づいて開発され、ソフトウェア インターフェイスはコンポーネントによって駆動される C# に基づいて開発され、各モジュールは自由に組み合わせることができます。APSIM モデルの主要なアルゴリズムとソフトウェア操作を理解し、精通することは、APSIM モデルを学習するための基礎です。さらに、作物モデルの優れたユーザーとなり、科学研究チームにとって不可欠な人材になるためには、作物モデルの知識を習得することに加えて、モデルの高速シミュレーションと効率的なデータ分析機能も習得する必要があります。R 言語は、幅広いアプリケーション シナリオを備えたプログラミング言語であり、学習が簡単です。APSIM モデルは、データ準備、自動シミュレーション、パラメータの最適化、および APSIM モデルの結果分析に使用される多くの R 言語補助パッケージを開発しました。気候、土壌、管理措置が重要な役割を果たします。

包括的な農業生態系モデルである APSIM を十分に理解し、モデルの適用能力、データ分析、チャート作成スキルを向上させます。各モジュールの関連アルゴリズムをさらに理解します。

APSIM モデルのアプリケーションと R 言語のデータ クリーニング

1) 作物成長モデルの概念

2) 作物生育モデルの開発状況

3)  APSIMモデルの開発プロセス

4)  APSIMモデルのモジュールとシミュレーションプロセス

5)  APSIMモデルの動作

APSIMのインストール

APSIMモデルの操作インターフェース説明

R言語プログラミングとデータクリーニング(データのスクリーニング、マージ、スライス、繰り返し値、欠損値の処理)

APSIM 気象ファイルの準備と R 言語融合アプリケーション

APSIMに付属する気象データの準備

1)APSIM気象ファイル.metの導入

2) 太陽光から放射線への変換アルゴリズム

3)APSIM天気ファイル変換

4) APSIM モデルの陸域大気交換とエネルギーバランスプロセス

ケース 1: R 言語を使用して気象ファイルを生成する

事例2:R言語を利用して気象共有ネットワークデータ/NCデータからAPSIM気象ファイルを量産する

ケース 3: R 言語を使用して気象ファイルをバッチで変更し、APSIM ファイルを呼び出す

APSIM モデルの季節学的発達および光合成生産モジュール

APSIM 生物季節学の開発と光合成生産

1)  APSIMモデルの成長期スケール

2)  APSIMモデルの積算温度計算

3)  APSIMモデルの成長期アルゴリズム

4)  APSIMモデルの成長期の要因とアルゴリズム

5)  APSIMモデル光合成生産アルゴリズム

ケース 1: APSIM クラシックと NG バージョンを使用した 成長期間とバイオマスのシミュレーション

APSIM の材料配分と収率シミュレーション

1 APSIMモデルの物質配分アルゴリズム

2 APSIM モデル出力シミュレーション モジュール

1)  APSIMモデルの穂当たり粒数のシミュレーション

2)  APSIMモデルの収量シミュレーション

3)  APSIMモデルの収量関連パラメータ

ケース 1: 作物の潜在バイオマスと潜在収量のシミュレーション

ケース 2: さまざまな品種パラメーターの下での作物収量のシミュレーション

APSIM 土壌水分バランスモジュール

APSIMモデルの土壌水分平衡アルゴリズム

1) 土壌水蒸発散と植物蒸散アルゴリズム

2) 土壌水の流出および排水アルゴリズム

3) 土壌水理パラメータの試験

ケース 1: APSIM モデルの入力パラメータと土壌ファイルの準備

ケース 2: データが欠落している場合の APSIM モデルの土壌パラメータの概算推定

ケース 3: R 言語を使用して、APSIM モデルの土壌パラメーターをバッチで変更する

ケース 4: APSIM モデルは土壌水分ダイナミクスをシミュレートします

APSIM 土壌炭素および窒素バランス モジュール

APSIM モデルの土壌養分動的プロセス シミュレーションと温室効果ガス排出シミュレーション

1) 窒素の無機化・固定過程

2) 窒素の硝化・脱窒

3) 土壌N2Oのシミュレーション

ケース 1: APSIM モデルの N2O 排出シミュレーション

ケース 2: APSIM モデルは土壌 No3 と NH4 の動的変化をシミュレートします。

APSIM 土壌炭素および窒素バランス モジュール

APSIMモデル土壌炭素プールモデルと土壌有機炭素SOCのシミュレーション

1) 土壌炭素プールモデルの開発経緯

2) 土壌炭素の代謝回転モデル

3) 土壌有機炭素のシミュレーション

ケース 1:APSIM モデルの土壌炭素プール モデルのパラメーターの校正

ケース 2: APSIM モデルは、土壌に戻るわらの炭素プールの変化の影響をシミュレートします。

APSIM農地管理モジュールとシナリオシミュレーション

APSIMモデルにおける農地管理対策の策定

1)  APSIMモデルの播種日と播種密度の設定

2)  APSIMモデルの施肥設定(化成肥料+有機肥料)

3)  APSIMモデルの灌水設定

4)  APSIMモデルのストローリターン設定

5)  APSIMモデルの複数年シミュレーションと輪作シミュレーション

ケース 1: APSIM モデルは作物の成長に対する気候変動の影響をシミュレートします。

ケース 2: APSIM モデルは、土壌有機炭素と温室効果ガスの排出に対する複数年の輪作の影響をシミュレートします。

ケース 3: APSIM モデルは単一作物、連続作物、輪作をシミュレートします。

ケース 4: APSIM モデルはトウモロコシと大豆の複合作付け (間作) をシミュレートします。

事例5:R言語を使用したAPSIM管理ファイルの一括変更・一括操作

APSIMモデル次世代(NG)バージョン

APSIM モデルの 次世代 (NG) バージョンの類似点と相違点

1)  APSIMモデルの NG バージョンとクラシック バージョンの違い

2)  APSIMモデルNGバージョン 時計モジュール、気象土壌モジュール、因子モデル、多様性モジュール

3)  APSIMモデルNGバージョン管理モデル設定

ケース 1: 複数の管理シナリオの組み合わせを設定する APSIM モデル NG バージョン

ケース2:APSIMモデルのNG版がClassic版を再現するケース

APSIM モデルのパラメーターの最適化と結果の分析とモデルの評価

APSIM モデルのパラメータの最適化

1)  APSIMモデルの主な遺伝パラメータ

2)  APSIMモデルのパラメータ最適化手法

ケース 1: 頻度主義およびベイジアン (MCMC) およびその他の手法を使用して、APSIM モデルのパラメーターを最適化する (クラシックおよび NG バージョン)

ケース 2: R 言語を使用してシミュレーション結果をバッチで読み取り、APSIM モデルを評価する

ケース 3: R 言語を使用してシミュレーション結果を視覚化する (動的グラフやシミュレーション結果の 1:1 グラフなど)

APSIMモデルのソースコード解析

APSIMモデルのソースコード解析

1)  APSIMモデルソースコードの構造解析

2)  APSIMモデルのソースコードのコンパイル

ケース 1: APSIM モデルのソース コード パラメーターを変更してコンパイルする

ケース 2: ソース コードをコンパイルした後のモデルを使用したシミュレーション

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転載: blog.csdn.net/weixin_46433038/article/details/132304022