環境 Ubuntu22/20、R4.1
お使いの R のバージョンにはこのライブラリがないというエラーが表示される場合がありますが、実際にはありません。Bioconductorに関するライブラリです。
同時に、この問題、エラー: パッケージ 'systemfonts' の構成に失敗しました、および他の多くの同様の問題も発生しました。次の方法を一緒に解決できます。
最初のステップは、サーバー環境を更新し、ターミナルに入り、次のコマンドを入力することです。
apt-get update
apt install libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libcairo2-dev libgtk-3-dev libhdf5-dev libmagick9-dev libcairo2-dev libxt-dev
# linux repo :: R repo
# ==============================
# libcairo2-dev :: systemfonts
# libgtk :: textshaping
# libhdf5-dev :: hdf5r
# libmagick9-dev:: magick
# libcairo2-dev libxt-dev :: Cairo
2 番目のステップは、CRAN にパッケージをインストールすることです。R 言語の対話環境に入り、次のコマンドを入力します。
install.packages("scales")
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggbeeswarm")
install.packages("viridis")
install.packages("pheatmap")
install.packages("Cairo")
install.packages("ggrepel")
install.packages("systemfonts")
install.packages("textshaping")
install.packages("ragg")
install.packages("ggrastr")
install.packages("systemfonts")
3 番目のステップは、BiocManager にパッケージをインストールすることです。R 言語の対話環境に入り、次のコマンドを入力します。
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Rhdf5lib") # need apt install libhdf5-dev
BiocManager::install("rhdf5filters")
BiocManager::install("GenomeInfoDbData") # maybe need a VPN since it is big, about 10mB. Less than 5mB can be download without VPN.
BiocManager::install("BayesSpace")
インストール後、テストしてみると、
library(BayesSpace)
