Quast はゲノムアセンブリを評価します

この方法は個人使用のみを目的としています。！

クアスト

ゲノム品質評価: (2) QUAST-Knowledge を使用したゲノムアセンブリの評価

アセンブリ評価ソフトウェア Quast および BUSCO - ブリーフブック

# 进入conda环境
conda activate genome_feature
# 安装
conda install -c bioconda quast

quast.pyを実行します

mkdir quast && cd quast
# NOTICE: Genes are not predicted by default. Use --gene-finding or --glimmer option to enable it.
# WARNING: GeneMark tool can't be started because of license limitations!
# so 选择--glimmer
quast.py ../3.15188_genome.fasta --fungus --glimmer -t 8 -o 3.15188

QUASTの結果

# 结果文件
report.txt      summary table
report.tsv      tab-separated version, for parsing, or for spreadsheets (Google Docs, Excel, etc)  
report.tex      Latex version
report.pdf      PDF version, includes all tables and plots for some statistics
report.html     everything in an interactive HTML file
icarus.html     Icarus main menu with links to interactive viewers
contigs_reports        [only if a reference genome is provided]
misassemblies_report  detailed report on misassemblies
unaligned_report      detailed report on unaligned and partially unaligned contigs
k_mer_stats          [only if --k-mer-stats is specified]
kmers_report          detailed report on k-mer-based metrics
reads_stats            [only if reads are provided]
reads_report          detailed report on mapped reads statistics

総合的な結果については、report.html Web ページを参照してください。写真とデータが含まれており、report.txt が主要なデータです。

# 得到如下重要内容
# contigs                       16            
Largest contig                  4508325       
Total length                    34000033      
GC (%)                          48.49         
N50                             3074509       
N90                             1550349       
auN                             2916380.1     
L50                             5             
L90                             12            

バッチ実行

# pep70
for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/70list.txt`
do
    echo "quast.py /media/aa/DATA/SZQ2/bj/a.preparing_data/genome_unmasked_fasta_data/$i.genome.fasta --fungus --glimmer -t 8 -o $i"
done > command.quast.list
ParaFly -c command.quast.list -CPU 48
# pepmy
for i in `cat /media/aa/DATA/SZQ2/bj/functional_annotation/pepmylist.txt`
do
    echo "quast.py /media/aa/DATA/SZQ2/bj/a.preparing_data/genome_unmasked_fasta_data/$i.genome.fasta --fungus --glimmer -t 8 -o $i"
done > command.quast2.list
ParaFly -c command.quast2.list -CPU 48