します。https：//www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda

BRAKER2ゲノムアノテーションを使用します

BRAKER2ゲノムアノテーションは、GeneMark、AUGUSTUSおよびトランスクリプトームデータを組み合わせることができ、プロセスです。

ソフトウェアを使用する前に、ダウン注意すべき点がいくつかあります

（追加する必要がありブレーカー多くは、ソフトウェアに依存し、あなたはまた、我々はcondaでこれらの問題を解決することができ、多くのPerlモジュールをインストールする必要がありbiocondaチャンネル）

インストールが完了した後、出力は、いくつかのメッセージになり、次のようにまとめたものです

私たちは、インストールする必要がありますから必要な、GeneMarkで http://exon.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi ダウンロードしてインストールした後、環境変数を追加

BRAKER2ソフトウェアは、condaがインストールされていないいくつかの提案もありますが、あなたは自分のオンデマンドをインストールする必要があります

これらcondaインストールされていないソフトウェアのリファレンスについてhttps://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER#optional-tools

例cdbfastacdbyank

その後、環境変数に追加することができます

また、確立braker2環境condaにコピーすることができます~/miniconda3パスIのcondaがあります

インストールが完了したら、以下の提案は、このステップチェックソフトウェアに依存している実行

ブレーカーは、データの種類に応じて、存在する異なる動作モードは、実際の状況に応じて、最も一般的なシナリオは、ゲノムの尺度であり、また、トランスクリプトームの第二世代を測定し、そしておそらく密接に関連する種のタンパク質配列の一部。だから、あなたが手に次のデータがあるとし

ステップ：ゲノムにこの基準ステップの反復配列をマスクRepeatMasker RepeatModelerと注釈付きゲノム反復配列を使用して

このステップgenome.fasta.masked出力は、入力されたコメントに従います

測定結果が入力さ組み立て複数のxx.bamトランスクリプトームであれば、ファイルよりBAMを複数生成するために、各サンプルに対して一度実行。

ステップ3：実行BRAKER2

braker.plは48個のスレッドをサポートします。

最終的な出力は、タンパク質配列とCDS GFFファイルシーケンスとなります

あなたがcondaをインストールするときに問題が発生する可能性があります使用します

理由は、faToTwoBitプログラムエラー

condaが適切に依存関係を処理するために失敗したため、これがあり、高すぎるopensslのバージョン、次のように解決策があります

次の警告は、実行時に表示されます

オフ無視