rWCVP の使用を開始する
導入
維管束植物世界カタログ (WCVP) は、維管束植物種に関する世界的なコンセンサスです。科学的に知られている 340,000 種を超える維管束植物の名前、同義語、分類、分布を提供します。
著者らは、WCVP を使用したいくつかの一般的なタスクを簡単にするために rWCVP を開発しました。これらには、WCVP に従って分類群名のリストを標準化すること、種の分布を取得してマッピングすること、特定の地域で見つかった分類群の目録を作成することが含まれます。
1. WCVPへのアクセス
rWCVP の機能が適切に動作するには、WCVP のコピーにアクセスする必要があります。
1.1 方法 1
WCVP をロードする 1 つの方法は、関連するデータ パッケージ rWCVPdata をインストールすることです。
if (!require(rWCVPdata)) {
install.packages("rWCVPdata",
repos = c(
"https://matildabrown.github.io/drat",
"https://cloud.r-project.org"
)
)
}
== ダウンロードとインストールが完了するまで待ちます。 == rWCVPdataの分類群と分布データが表示されます。
library(rWCVPdata)
names = rWCVPdata::wcvp_names
distribution = rWCVPdata::wcvp_distributions
rWCVPdata には 140 万を超える種の情報が含まれています。
rWCVPdata には 190 万を超える種の分布情報が含まれています。
1.2 方法 2 (慎重)
データ パッケージが利用できない場合、または別のバージョンの WCVP を使用したい場合は、データのローカル コピーをこのパッケージの main 関数に提供できます。たとえば、マニフェストを生成するには次のようにします。
names <- read_csv("/path/to/wcvp_names.csv")
distributions <- read_csv("/path/to/wcvp_distributions.csv")
checklist <- wcvp_checklist("Acacia",
taxon_rank = "genus", area_codes = "CPP",
wcvp_names = names, wcvp_distributions = distributions
)
独自のバージョンの WCVP を使用している場合は注意してください。WCVP テーブルの構造はバージョンごとに異なる場合があります。rWCVP は、WCVP の最新バージョンおよび同じ構造を共有する以前のバージョンで動作するように設定する必要があります。
2. WCVP データスクリーニング
一部の rWCVP 機能には、特定の地域の維管束植物種のリストまたは概要を生成するための WCVP データ スクリーニングが含まれます。
これらの関数は、WCVP をフィルタリングするための 2 つのパラメータを受け入れます。
- Taxon : 種の分類ランク以上の有効な分類群の名前 (例: 種「Myrcia almasensis」、属「Myrcia」または「フトモモ科」)。
- area : 焦点を当てるエリアの WGSRPD レベル 3 コードのベクトル。
これらのパラメーターをwcvp_checklist、wcvp_occ_mat、および wcvp_summaryで組み合わせて使用して、目的の領域の焦点分類群の出力を生成できます。たとえば、ブラジルのフトモモ科:
# filter Myrtaceae species in Brazil
checklist <- wcvp_checklist("Myrtaceae",
taxon_rank = "family",
area_codes = c("BZC", "BZN", "BZS", "BZE", "BZL")
)
2.1 分類群によるフィルタリングに関する注意事項
分類群でフィルタリングする場合、taxon.rank パラメータを使用して、指定した名前の分類群ランクを関数に伝える必要があります。
たとえば、Poa annua の概要テーブルを生成するには、次のようにします。
# summary table for Poa
wcvp_summary("Poa", taxon_rank = "genus")
ℹ No area specified. Generating global summary.
$Taxon
[1] "Poa"
$Area
[1] "the world"
$Grouping_variable
[1] "area_code_l3"
$Total_number_of_species
[1] 573
$Number_of_regionally_endemic_species
[1] 573
$Summary
# A tibble: 280 × 6
area_code_l3 Native Endemic Introduced Extinct Total
<chr> <int> <int> <int> <int> <int>
1 ABT 21 0 5 0 26
2 AFG 23 1 0 0 23
3 AGE 13 2 5 0 18
4 AGS 24 0 10 0 34
5 AGW 34 8 3 0 37
6 ALA 6 0 3 0 9
7 ALB 17 0 0 0 17
8 ALG 8 0 1 0 11
9 ALT 30 3 1 0 31
10 ALU 7 0 3 0 10
# ℹ 270 more rows
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows
種、属、科、目以上のランクの分類群名を指定できます。WCVP は、部門レベル以下の分類情報のみを提供します。APG IV に従って、ファミリーを注文およびより高度な分類にマッピングするための、taxonomic_mapping というテーブルが組み込まれています。
# APG Ⅳ
head(taxonomic_mapping)
higher order family
1 Angiosperms Acorales Acoraceae
2 Angiosperms Alismatales Alismataceae
3 Angiosperms Alismatales Aponogetonaceae
4 Angiosperms Alismatales Araceae
5 Angiosperms Alismatales Butomaceae
6 Angiosperms Alismatales Cymodoceaceae
このテーブルをバックグラウンドで使用して、これらの上位カテゴリ ランクを使用してフィルタリングします。たとえば、すべてのイネ科を集計するには:
# summary all Poales:
wcvp_summary("Poales", taxon_rank = "order")
ℹ No area specified. Generating global summary.
$Taxon
[1] "Poales"
$Area
[1] "the world"
$Grouping_variable
[1] "area_code_l3"
$Total_number_of_species
[1] 23770
$Number_of_regionally_endemic_species
[1] 23770
$Summary
# A tibble: 368 × 6
area_code_l3 Native Endemic Introduced Extinct Total
<chr> <int> <int> <int> <int> <int>
1 ABT 359 0 70 0 429
2 AFG 485 16 15 0 504
3 AGE 908 31 166 0 1074
4 AGS 389 20 88 0 477
5 AGW 890 130 105 0 995
6 ALA 711 2 153 0 864
7 ALB 363 4 14 0 387
8 ALD 44 7 13 0 57
9 ALG 445 11 41 0 497
10 ALT 383 9 6 0 389
# ℹ 358 more rows
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows
2.2 配信エリア別の審査についての説明
WCVP は、記録された植物分布のための世界地理計画 (WGSRPD)を使用して、レベル 3 の分類群分布をリストします。このレベルは、大国が分割されたり辺境地域が省略されたりしない限り、ほとんどが国境に沿った「植物国家」に相当します。rWCVP の関数は、領域が WGSRPD レベル 3 コードのベクトルとして提供されることを期待します。
興味のある領域全体を見つけるのは面倒な場合があります。たとえば、ブラジルの種でフィルターするには、5 つのコードのベクトルを指定します。便宜上、rWCVP には領域名を WGSRPD レベル 3 コード ベクトルに変換する機能があります。
# convert region to codes
get_wgsrpd3_codes("Brazil")
ℹ Matches to input geography found at Country (Gallagher) and Region (Level 2)
[1] "BZC" "BZE" "BZL" "BZN" "BZS"
これは、地域ごとに WCVP をフィルタリングする関数に直接入力できます。
wcvp_summary("Poa", taxon_rank = "genus", area = get_wgsrpd3_codes("Southern Hemisphere"))
ℹ Matches to input geography found at Hemisphere level
ℹ Including WGSRPD areas that span the equator. To turn this off, use `include_equatorial = FALSE`
$Taxon
[1] "Poa"
$Area
[1] "Southern Hemisphere (incl. equatorial Level 3 areas)"
$Grouping_variable
[1] "area_code_l3"
$Total_number_of_species
[1] 264
$Number_of_regionally_endemic_species
[1] 237
$Summary
# A tibble: 74 × 6
area_code_l3 Native Endemic Introduced Extinct Total
<chr> <int> <int> <int> <int> <int>
1 AGE 13 2 5 0 18
2 AGS 24 0 10 0 34
3 AGW 34 8 3 0 37
4 ANT 0 0 1 0 1
5 ASC 0 0 1 0 1
6 ASP 2 1 3 0 5
7 ATP 8 1 3 0 11
8 BOL 31 2 3 0 34
9 BOR 2 1 0 0 2
10 BUR 3 0 0 0 3
# ℹ 64 more rows
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows
著者の練習
m = wcvp_checklist(taxon = "Mahonia", taxon_rank = "genus")
b = wcvp_checklist(taxon = "Berberis", taxon_rank = "genus")
mはマホニア、bはベルベリスを意味します。WCVP ではマホニアの独立した地位は認められず、ベルベリスに組み込まれます。おそらく rWCVP からベルベリスを入手してから、U.Taxonstand からマホニアを選んでみてください。