插入/缺失（insertion-deletion，InDel）是指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生了不同大小核苷酸片段的插入或缺失，即一个序列上某一位点相比同源的另一个序列插入或缺失了一个或多个碱基。InDel多态性分子标记是基于插入/缺失位点两侧的序列设计特异引物进行PCR扩增的标记，其本质仍属于长度多态性标记，可利用便捷的电泳平台进行分型。
InDel标记的优点
①密度大，仅次于SNP，远高于SSR；
②多态性丰富，覆盖全基因组，种内和种间都有多态性，其通用性较强；
③准确性高、变异稳定，易于分型；
④检测简便，扩增产物带型清晰简单；
⑤ DNA质量要求较低，且对样品量要求较少，能扩增高度降解的DNA。
传统的InDel检测方法主要通过聚丙烯酰胺凝胶电泳和硝酸银染色，但该种方法需要制胶和银染等步骤，不仅耗时耗力，较难准确读出扩增片段大小，尤其是在位点较多、片段差异较小时其准确性会大大降低；不同批次反应数据难以统一处理。荧光标记毛细管电泳采用不同颜色的荧光染料标记引物，扩增的PCR产物在毛细管泳道电泳，利用软件进行图像收集和分析扩增片段大小。荧光标记毛细管电泳无需银染，省时省力；实现了数据自动化处理，降低人为误差，能准确计算出扩增片段的大小，不同批次反应数据也可以统一处理；可以进行样品高通量、位点高通量的检测；总的来说，荧光标记毛细管电泳具有通量高、效率高、精度高和重复性好等特点。
荧光标记毛细管电泳技术不仅可以应用在InDel检测，也可以应用在SSR检测、MSI检测、细胞系鉴定等中。
毛细管荧光凝胶电泳结果图
（引自201611160425 .4一种InDel位点基因型分型的方法 ）
荧光毛细管法InDel标记筛选与验证实验步骤：
InDel标记的应用：
① 种质资源分析与分子辅助遗传育种
遗传育种中，作物种质资源的鉴定具有特殊的价值，InDel标记技术在种质资源鉴定中准确率高，且快捷简便；InDel标记在作物的分子辅助遗传育种领域中同样应用广泛。
②群体遗传分析
目前关于群体遗传分析的研究大多是利用SSR分子标记技术，但SSR位点易发生突变使得后续结果分析模棱两可，InDel标记的通用性较强，且在群体遗传分析中应用范围广泛。
基于In Del标记构建的90份花生种质的UPGMA聚类分析
③ 图位克隆、基因定位及遗传图谱的构建
在物种功能基因的图位克隆中，通常需要分布密度高的分子标记，而目前已有的各种分子标记并没有达到令人满意的分布密度。InDel标记分布密度大，可满足目的基因的精细定位。利用InDel位点与某些功能基因或QTL间的连锁关系，可以将功能基因或QTL定位在染色体上。InDel多态性较高，可以作为分子标记用来构建遗传图谱。
黄瓜黄叶yl-5基因的精细定位
④ 法医遗传学及医学诊断
InDel作为兼具SNP和STR优点的分子标记技术，已应用于法医遗传学领域。InDel标记不仅应用于个体识别和亲缘关系鉴定，而且在医学方面也有所应用，如利用InDel标记能检测出HLA与Y染色体无法检测的微嵌合体。
一例内蒙古赤峰蒙古族样本的分型图谱！