リンク
http://journals.sagepub.com/doi/10.3181/0903-MR-94（ミニレビューコロナウイルス）
http://www.biotrainee.com/thread-2253-1-1.html（系統樹関連）
https://blog.csdn.net/Cccrush/article/details/90695891（詳細いくつかの進化のツリー構築法と原則）
標的種とシーケンス
種：ヒト感染可能なウイルスの7種類でコロナウイルス
起源のシーケンスを：NCBIのRefシーケンスが公開されている、我々はわずか6種のいずれかを使用しています。
関連配列リスト
原則と方法の多重整列
関連ツール
- ClustalX / W（前者は、コマンドラインインターフェースであるグラフィカルインタフェースです）
- T-コーヒーツール
- MultAlinツール
- MAFFTツール
- MEGAXツール（共通）
成果のいくつかの方法
- パケットは（算術平均と非加重ペアグループ法平均法を非加重UPGAM）
- 最小進化法（最小進化、ME）
- 最小二乗法（最小二乗、LS）
- 近隣結合（近隣結合、NJ）
実際には、属して上記4つの方法距離法寄与するための基礎として種間の進化的距離を計算することによって、すなわち。
実際には、クラスルールの成果があります：文字ベースの方法の特性方法未来を見て、過去の最初のジャンプは、（INGの掘り）、。
練習
筋肉＆ClustalWの
上記のいくつかのツールEBIサイト上では、（実際には、複数の配列アラインメントを実装できるツールの多くもある）公表している、我々はそれらを使用MUSCLEの方法+ ClustalWの方法+ MAFFTの直接最終的な貢献を得るための方法を結果。
リンク：
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
結果の可視化
筋肉：正確なMSAツール、タンパク質と特に良いです。メディアアライメントに適しています。
ClustalWの：用途はアライメントを生成するために、ガイドの木を播種し、HMMプロファイル-プロファイル技術という新しいMSAツール。中大型アラインメントに適し。
MAFFT：高速フーリエ変換を使用するMSAツール。中大型アラインメントに適し。
后面两个的结果相近、可能更加接近真实情况。
Newickのテキスト
# Muscle
(
(
KP198610:0.22253,
(
NC_002645.1:0.16531,
MK334047.1:0.15607)
:0.08099)
:0.01856,
NC_019843.3:0.22538,
(
NC_045512.2:0.09935,
NC_004718.3:0.10340)
:0.11661);
# ClustalW
(
(
NC_019843.3:0.23351,
(
NC_045512.2:0.09863,
NC_004718.3:0.10330)
:0.12454)
:0.02357,
KP198610:0.23317,
(
MK334047.1:0.16005,
NC_002645.1:0.16886)
:0.09141);
# MAFFT
(
KP198610:0.23000,
(
MK334047.1:0.15815,
NC_002645.1:0.16536)
:0.08813,
(
NC_019843.3:0.22966,
(
NC_045512.2:0.09772,
NC_004718.3:0.10361)
:0.12929)
:0.03177);
ローカルMEGAX
ビルドプロセス
距離行列とは、成果が来ます
