Page JS presenta el método de recursos estáticos en el paquete jar
La clave es empaquetar los recursos estáticos en el directorio META-INF/resources del jar, configuración de maven:
<resource>
<directory>${basedir}/src/main/webapp</directory>
<includes>
<include>assets/**</include>
</includes>
<targetPath>META-INF/resources</targetPath>
</resource>
Simplemente importe js directamente en la página:
<script src="assets/server.js" type="text/javascript"></script>
Si necesita sobrescribir un archivo con el mismo nombre, puede sobrescribirlo creando un nuevo archivo con el mismo nombre en el mismo directorio de recursos del proyecto actual.