- El cribado CRISPR-Cas9 identificó genes letales enriquecidos en la vía de la necroptosis y de importancia pronóstica en el osteosarcoma.
(La pantalla CRISPR-Cas9 identifica genes letales enriquecidos en vías necróticas y de importancia pronóstica en el osteosarcoma).
Fecha de lanzamiento: 2023-07-08
Autores: Cheng Ling, Xiong Wei, Li Song, Wang Gao, Zhou Jie, Li Haoguang
Revista: REVISTA DE MEDICINA GÉNICA
Resumen: Antecedentes: Este estudio tiene como objetivo utilizar el método de cribado CRISPR-Cas9 para identificar genes indispensables relacionados con la viabilidad de las células tumorales, que pueden proporcionar nuevos objetivos terapéuticos para los pacientes con osteosarcoma.
Métodos: La alineación del transcriptoma entre el tumor y los tejidos normales se obtuvo del conjunto de datos de Investigación Terapéuticamente Aplicable para Generar Tratamientos Efectivos, y se comparó con los genes relacionados con la viabilidad celular examinados por la tecnología de cribado CRISPR-Cas9. Se utilizaron la Enciclopedia de genes y genomas de Kioto y el análisis de Ontología de genes para identificar vías enriquecidas asociadas con genes letales. Se utilizó la regresión del operador de selección y contracción mínima absoluta (LASSO) para construir un modelo de riesgo asociado con genes letales para predecir el resultado clínico en el osteosarcoma. Se utilizaron análisis de regresión de Cox univariante y multivariante para evaluar el valor pronóstico de esta característica. Se utilizó un análisis de red de coexpresión génica ponderada para identificar módulos asociados con pacientes con puntuación de alto riesgo.
Resultados: En este estudio se identificaron un total de 34 genes letales. Estos genes se enriquecen en la vía necrótica. Un modelo de riesgo basado en el algoritmo de regresión LASSO diferenció a los pacientes con puntajes de alto riesgo de aquellos con puntajes de bajo riesgo. En comparación con los pacientes de bajo riesgo, los pacientes de alto riesgo tuvieron una supervivencia general más corta tanto en el grupo de entrenamiento como en el de validación. Las curvas características operativas del receptor a 1, 3 y 5 años mostraron que la puntuación de riesgo tenía un buen rendimiento predictivo. La vía necrótica es la principal diferencia en el comportamiento biológico entre los grupos de alto y bajo riesgo. Mientras tanto, CDK6 y SMARCB1 pueden servir como objetivos importantes para detectar la progresión del osteosarcoma.
Conclusiones: este estudio desarrolló un modelo predictivo que supera los parámetros clinicopatológicos clásicos para predecir el resultado clínico en pacientes con osteosarcoma e identificar genes letales específicos, incluidos CDK6 y SMARCB1, y vías necróticas. Estos hallazgos pueden servir como objetivos potenciales para futuras terapias de osteosarcoma.
Enlace original: DOI: 10.1002/jgm.3563
- Protocolo para generar líneas celulares knockout mediadas por CRISPR-Cas9 monoclonales utilizando RNP y lipofección en células HNSCC.
(Protocolo para generar líneas celulares monoclonales knockout usando transfección de liposomas de complejos RNP en células HNSCC).
Fecha de lanzamiento: 2023-07-08
Intérpretes: Geyer Fabian, Geyer Maximilian, Klapproth Sarah, Wolff Klaus-Dietrich, Nieberler Markus
Revista: PROTOCOLOS ESTRELLA
Resumen: CRISPR-Cas9 es una poderosa herramienta para la edición precisa del genoma. Aquí, presentamos un protocolo para la generación de líneas celulares monoclonales knockout (KO) en células HNSCC adherentes utilizando un método CRISPR-Cas9 de complejos de ribonucleoproteína transfectados con liposomas (RNP). Describimos los pasos para la selección de ARN guía apropiado y diseño de cebadores, preparación de ARN guía (ARNg), transfección de complejos RNP con liposomas en células HN y dilución limitante para obtener líneas celulares monoclonales. Luego, detallamos el proceso de purificación de ADN e identificación por PCR de líneas celulares monoclonales KO.
Enlace original: DOI: 10.1016/j.xpro.2023.102366
- Un biosensor Lab-on-a-Tube que combina la amplificación asistida por recombinasa y CRISPR-Cas12a con extracción magnética rotada para la detección de Salmonella.
(Un biosensor Lab-on-a-Tube que combina amplificación asistida por recombinasa y CRISPR-Cas12a, seguido de extracción magnética rotatoria para identificar Salmonella).
Fecha de lanzamiento: 2023-07-08
Autores: Wu Shangyi, Yuan Jing, Xu Ai, Wang Lei, Li Yanbin, Lin Jianhan, Yue Xiqing, Xi Xinge
Revista: MICROMACHINES
Resumen: Antecedentes: Los patógenos transmitidos por los alimentos amenazan la salud pública mundial y se necesitan con urgencia métodos simples de detección de bacterias. Aquí, establecimos un biosensor para la detección simple, rápida, sensible y específica de bacterias transmitidas por los alimentos.
Métodos: el ADN de las bacterias diana se extrajo y purificó de manera simple y eficiente utilizando imanes cilíndricos giratorios de Halbach y perlas de sílice magnéticas (MSB).Amplificación asistida por recombinasa (RAA) combinada con ADN amplificado por CRISPR-Cas12a y señales fluorescentes generadas. En primer lugar, centrifugar 15 ml de la muestra bacteriana y lisar el precipitado con proteasa para liberar el ADN de interés. Luego se formaron complejos de ADN-MSB con rotación intermitente del tubo de ensayo y distribución uniforme sobre la malla de alambre dentro del imán cilíndrico de Halbach. Finalmente, el ADN purificado se amplificó con RAA y se detectó con CRISPR-Cas12a.
Resultados: El biosensor puede detectar cuantitativamente Salmonella, la muestra de leche tomó 75 min y el límite de detección fue de 6 UFC/mL. 100CFU/ml de Salmonella produjeron una señal fluorescente de más de 2000 RFU, mientras que 10000CFU/ml de Listeria, Bacillus cereus, Escherichia coli O157:H7 como bacterias no diana, la señal fue inferior a 500RFU (igual que el control negativo).
Conclusión: Este biosensor Lab-on-a-Tube integra el proceso de amplificación RAA de lisis celular, extracción de ADN y amplificación RAA en un tubo de 15 ml, lo que simplifica la operación, evita la contaminación y es adecuado para la detección de Salmonella de baja concentración.
Enlace original: DOI: 10.3390/mi14040830
- La proteómica combinada y las pantallas CRISPR‒Cas9 en PDX identifican a ADAM10 como esencial para la leucemia in vivo.
(La proteómica combinada y las pantallas CRISPR Cas9 en PDX identificaron a ADAM10 como esencial para la leucemia in vivo).
Fecha de lanzamiento: 2023-07-08
Intérpretes: Bahrami Ehsan, Schmid Jan Philipp, Jurinovic Vindi, Becker Martin, Wirth AnnaKatharina, Ludwig Romina, Kreissig Sophie, Duque Angel Tania Vanessa, Amend Diana, Hunt Katharina, Öllinger Rupert, Rad Roland, ...... Herold Tobias , Jayavelu Ashok Kumar, Jeremías Irmela
Revista: CÁNCER MOLECULAR
Resumen: Antecedentes: la leucemia aguda es una neoplasia maligna letal y se necesitan mejores tratamientos. Sin embargo, como desafío, muchos enfoques terapéuticos se verían compensados por un microambiente que protege a las células madre leucémicas latentes.
Métodos: Realizamos un perfil proteómico en profundidad de un pequeño número de células madre de leucemia de xenoinjerto derivado del paciente (PDX) latentes aisladas de ratones para identificar proteínas de superficie clave. Los objetivos candidatos, examinados mediante CRISPR Cas9, se identificaron en modelos PDX.
RESULTADOS: La proteína ADAM10 se identificó como un elemento único necesario para la supervivencia y el crecimiento de las células leucémicas in vivo, y la correlación de su actividad sheddasa se confirmó mediante el modelo PDX. ADAM10, importante desde el punto de vista translacional, molecular o farmacológicamente dirigido, reduce la carga leucémica de PDX, la frecuencia de localización de células en células madre de médula ósea murina y aumenta la respuesta leucémica a la quimioterapia convencional in vivo.
Conclusiones: Estos hallazgos identifican a ADAM10 como una diana terapéutica atractiva para el futuro tratamiento de la leucemia aguda.
Enlace original: DOI: 10.1186/s12943-023-01803-0
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