R语言I绘制等高线图

等高线指的是地形图上高程相等的各点所连成的闭合曲线。而等高线图（contour map） 是可视化二维空间标量场的基本方法，可以将三维数据使用二维的方法可视化，同时用颜色视觉特征表示第三维数据

代码如下：

1.下载并调用MASS包

BiocManager::install("MASS")
library(MASS)

#matrix是创建矩阵
Sigma <- matrix(c(1,0.7,0.7,1),2,2)
Sigma

2.将画布调整为2*2的大小并生成随机数

par(mfrow = c(2, 2))

#基于MASS包的mvrnorm产生多元高斯分布的随机数
r <- mvrnorm(n=1000, c(0,3), Sigma)
head(r)

3.绘制等高线图
图一：

plot(density(r))

图二：

#二维核密度函数kde2d()来估计二维数据的密度函数
bivn.kde <- kde2d(r[,1], r[,2], n = 50)
#3D等高线图
persp(bivn.kde, phi = 40, theta = 35)

图三：

#绘制二维等高线
contour(bivn.kde)

图四：

#给图添加配色
image(bivn.kde,col = terrain.colors(100))
contour(bivn.kde, add = T)

4.绘制简单等高线图

#生成随机数
x <- rnorm(10, 0, 1)
y <- rnorm(10, 1, 100)

#绘制等高线，颜色为蓝色
contour(kde2d(x,y), col = 'blue', drawlabel=T)

#points 用来在一张图表上添加点，指定好对应的x和y坐标
points(x,y)

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以上就是关于等高线图的画法分享啦！ 如果对生信绘图感兴趣的小伙伴，可以添加“小图”或者搜索微信公众号“作图帮”，图图期待你们的加入！