在Linux系统中，通常会有一套目录结构和权限管理规范来进行软件的安装和部署。以下是一种可能的目录和权限规划：
1. **软件源文件目录**：源文件通常可以放在`/opt/`或`/usr/local/src/`目录中。这两个目录通常被用于存放额外安装的非系统软件。
2. **安装目录**：软件的安装目录通常选择在`/usr/local/`或`/opt/`。例如，你可以将Oracle安装在`/usr/local/oracle/`，将Nginx安装在`/usr/local/nginx/`，以此类推。这样可以保持系统目录的清洁，并且使得管理和定位软件更加方便。
3. **日志文件目录**：日志文件通常放在`/var/log/`目录下，你可以为每个应用创建一个子目录，例如：`/var/log/nginx/`，`/var/log/redis/`等等。
4. **配置文件目录**：配置文件通常放在`/etc/`或者每个应用自己的安装目录下。例如，Nginx的配置文件通常放在`/etc/nginx/`或者`/usr/local/nginx/conf/`。
5. **用户和权限管理**：出于安全考虑，不建议以root用户安装和运行这些软件，应为每个应用创建一个非root用户。例如，你可以创建一个名为nginx的用户来运行Nginx，创建一个名为oracle的用户来运行Oracle。这样，即使这些应用程序被攻击，攻击者也无法获得root权限。
在创建用户时，你可以使用`useradd`命令。例如，创建一个名为nginx的用户，你可以使用如下命令：
```bash
sudo useradd -r -s /bin/false nginx
```
这个命令会创建一个名为nginx的系统用户，并且不允许这个用户登录。
然后，你需要将相关的目录的所有权赋给这些用户。例如，你可以将Nginx的安装目录的所有权赋给nginx用户：
```bash
sudo chown -R nginx:nginx /usr/local/nginx/
```
这样，nginx用户就有了对`/usr/local/nginx/`目录的读写权限，但是其他用户只有读权限。
注意，以上建议可能需要根据你的实际情况进行调整。在进行软件的安装和配置时，你应该参考每个软件的官方文档，并且确保遵循你的公司的IT安全策略。