上世纪90年代以来,药物分子与DNA、蛋白质相互作用的研究已成为化学和生命科学热门课题之一。DNA和蛋白质是生物体中重要的生物大分子。临床上使用的许多抗癌、抗病毒药物都是以DNA为作用靶点，研究药物与DNA的相互作用，有助于从分子水平上了解抗癌、抗病毒药物的作用机理，为设计临床上更为有效的抗癌、抗病毒药物提供理论指导。
蛋白质是药物的一种非常重要的运输载体。药物与蛋白质的相互作用不仅影响药物在体内的分布，而且还影响药物在体内的代谢与排泄方式，研究药物与蛋白质的结合为药物分子结构与药效之间的关系提供了有利的信息。
1．1药物与生物大分子相互作用的研究概述
生物大分子是一切生命形式的基础。重要的生物大分子有四种:蛋白质、核酸、多糖和脂类。其中蛋白质、核酸、多糖是聚合物，它们分别由同一类但组成不完全相同的物质聚合而成。药物不管在体内起什么样的作用，其本质都是药物小分子与机体组织中具有重要功能的生物大分子之间进行物理化学反应的最终结果。分子生物学和分子药理学的发展使人们能够从基因水平理解某些疾病的发病机理，并通过分子设计来寻找有效的治疗药物。临床上使用的许多抗病毒、抗癌药物都以DNA为作用靶点，通过与DNA发生作用破坏其结构，进而影响基因调控与表达功能，表现出抗病毒、抗癌活性;一些致病物质也能与DNA形成加合物，这种DNA加合物也是可能导致病变的预警标志物。因此，小分子与DNA的相互作用研究有助于从分子水平上了解抗病毒，抗癌药物的作用机理，阐明有毒物致病的分子生物学机理，为设计临床上更为有效的抗病药物提供理论指导。
蛋白质是重要的生物大分子，也是研究分子生物学和生命科学的重要内容。当药物进入人体后，总要通过血浆的贮存与运输达到受体部位，进而发生药理作用。血清白蛋白是血浆中最为丰富的蛋白质，它能与许多内源及外源化合物结合，并能结合生物体内存在的多种微量元素。药物-一蛋白质的相互作用在药物动力学及临床药理学上的重要意义，使得这一研究领域十分活跃，建立药物─蛋白质结合的体外模型，了解结合的紧密程度、结合部位、结合力、结合位点数等问题，不仅对于揭示体内的药物动力学问题、指导合理用药具有一定意义，同时对于进行药物分子设计，开发新药，也具有重要的指导意义。因此，药物小分子与DNA、蛋白质相互作用的研究已成为化学和生命科学的热门课题之一。进行药物小分子与DNA、蛋白质之间的相互作用研究不仅有助于从分子水平上阐述药物的作用机理，而且对抗癌、抗病毒药物的体外筛选具有重要的意义，同时也为设计更有效的抗癌、抗病毒药物提供了理论指导和有价值的信息。