Page JS apresenta o método de recurso estático no pacote jar
A chave é empacotar os recursos estáticos no diretório META-INF/resources do jar, configurações do maven:
<resource>
<directory>${basedir}/src/main/webapp</directory>
<includes>
<include>assets/**</include>
</includes>
<targetPath>META-INF/resources</targetPath>
</resource>
Basta importar js diretamente na página:
<script src="assets/server.js" type="text/javascript"></script>
Se precisar sobrescrever um arquivo com o mesmo nome, você poderá sobrescrevê-lo criando um novo arquivo com o mesmo nome no mesmo diretório de recursos do projeto atual.