HP DL580 G7サーバーのシステムのインストールと展開環境

centos7画像をダウンロードして、Uディスクのブートディスクを作ります

清華ミラーリングからダウンロード

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos/7.7.1908/isos/x86_64/CentOS-7-x86_64-DVD-1908.iso

最初のブートエントリとして設定Uディスク

F9ブートはBIOSセットアップを入力することができます
{{アップロード-画像-412605.png（アップロード...）}}

ビルドへのシステム環境

システムのバージョンは、以下のように：
CentOSのLinuxリリース1908年7月7日（コア）

インストールが完了したら、CentOSのインターフェイスは、コマンドラインに次のコマンドを使用して、システムを入力することはできません
コマンドラインには、Ctrl、AltのF2、ユーザー名とパスワードを入力してください

オープンネットワーク、および自動接続を設定します

cd /etc/sysconfig/network-scripts
ifup ifcfg-enp4s0f2

インストールのR 3.6.1

yum install R

パッケージのRのインストール

need_packages=c("reshape2","RColorBrewer","ggplot2","plyr","grid","Mfuzz","WGCNA","pheatmap")
install.packages(need_packages)

BGI need R package
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.10")
BiocManager::install("AnnotationDbi","EBSeq","NOISeq","DEGseq","clusterProfiler")
BiocManager::install("topGO")
BiocManager::install("Rgraphviz")
BiocManager::install(c("impute","preprocessCore")) #WGCNA

DESeq2のインストールエラー

jpeglib.h: No such file or directory

インストールシステムは、次のように依存しています

yum install -y libjpeg-devel

Perlモジュールをインストールします。

GDインストール後に手動で与えられて、モジュールをインストール

wget http://www.cpan.org/authors/id/L/LD/LDS/GD-1.16.tar.gz
cd GD-1.16
perl Makefile.PL
make
make install

依存GDのインストール、あなたはまだCPANのインストールを検討し、いくつかの問題を見つけることができます

yum install -y perl-GD
yum install -y gd-devel

最後に、CPANインストールを使用

cpan install YAML
cpan install Module:Build
cpan install Excel::Writer::XLSX

インストールモジュール

参考module安装日志

元画像condaアップのインストールとセット

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults
  - r
show_channel_urls: true

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

/home/yueyao/bio/tools/miniconda/4.5.1/bin/conda create -p /home/yueyao/bio/tools/snakemake/3.13.3 snakemake

インストールtexlive

参考texlive安装日志

インストールfastqc

wget fastqc_v0.11.8.zip
unzip fastqc_v0.11.8.zip
mkdir -p /usr/local/Modules/modulefiles/fastqc/0.11.8

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