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proovreadインストールと裁判
2018年12月4日午前19時52分21秒は、118ワード204を読み出します
[TOC]
インストール環境
Ubuntu18.10
のPerl 5.10.1以降の
ログイン:: Log4perl
ファイル::（参照 ＃17）
NCBI BLAST-2.2.24 +以降
samtools-1.1 以降
インストール
新規インストール
gitのクローン https://github.com/BioInf-Wuerzburg/proovread
（CDのproovread &&作る&& make installを）
作るインストールが取る：PREFIX = /私/ソフトウェア/ proovread
テスト実行を行います
（CDのproovread &&サンプルを作ります）
最新バージョンに既存のインストールを更新します
（CDのproovread &&更新します）
注：proovreadは、独自の、修正版が付属しています BWA。構築された標準BWAでそれを使用すると失敗します。
試します
テストproovread -h
開始時には、ログイン:: Log4perl、このエラーをインストールしていません
Can't locate Log/Log4perl.pm in @INC (you may need to install the Log::Log4perl module) (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26.2 /usr/local/share/perl/5.26.2 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26 /usr/share/perl/5.26 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base) at ./proovread line 11.
BEGIN failed--compilation aborted at ./proovread line 11.
使用cpan Log::Log4perl
後のインストール、およびしようとしたproovread -h
ファイルをインストールしない::どのこのエラー
Can't locate File/Which.pm in @INC (you may need to install the File::Which module) (@INC contains: /home/sjl/Downloads/proovread/bin/../lib/ /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26.2 /usr/local/share/perl/5.26.2 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26 /usr/share/perl/5.26 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base) at ./proovread line 20.
BEGIN failed--compilation aborted at ./proovread line 20.
使用しcpan File::Whichてインストールを
してから次のことができますproovread -h成功します。
proovreadフォルダを入力しようとするmake sample、試料中のファイルフォルダを実行することができますし、サンプルの結果で結果を生成します。