ソートの間隔、マージ、サンプリングおよびその他の機能

コンテンツ転送：https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/4.0.1.1/picard_util_IntervalListTools.php
GATK IntervalListToolsで結合picard IntervalListTools操作機能間隔の複数。

1.組み合わせた2つの間隔リスト

java -jar picard.jar IntervalListTools \
      ACTION=CONCAT \
      I=input.interval_list \
      I=input_2.interval_list \
      O=new.interval_list

2. 2間隔リストをマージして、ソート重複領域をマージ

java -jar picard.jar IntervalListTools \
       ACTION=CONCAT \
       SORT=true \
       UNIQUE=true \
       I=input.interval_list \
       I=input_2.interval_list \
       O=new.interval_list 

3.から別の入力INPUTシーケンスを抽出

shell java -jar picard.jar IntervalListTools \ ACTION=SUBTRACT \ I=input.interval_list \ SI=input_2.interval_list \ O=new.interval_list ### 4.查找input1.interval_list或input2.interval_list，和在input3.interval_list中的碱基：シェル
のjava -jar picard.jar IntervalListTools ACTION = INTERSECT I = input1.interval_list I = input2.interval_list SI = input3.interval_list O = new.interval_list
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