TCGAは、様々なデータ/鉱業の20種類の腫瘍を再生します

 

腫瘍ゲノムアトラス(がんゲノムアトラスは、TCGA) プログラムは、国立がん研究所(国立がん研究所、NCI)が資金を提供されており、米国国立ヒトゲノム研究所(国立ヒトゲノム研究所、NHGRI ) 2006年にプロジェクトが共同で立ち上げ、現時点では、がんの種類の33種類の合計を検討しました。

 

以下のような大規模な配列決定ベースのゲノム解析、ゲノム、エピジェネティック基、トランスクリプトーム、プロテオームを用いた癌TCGAクロマトグラフィーの分子機構の複数の解析。私たちの診断、治療および癌の予防を癌の分子基盤の科学的理解に人々の能力を改善し、改善するために、すべての癌ゲノムに関連したパターンの完全な変更の最終完成。がんの遺伝情報の最大のデータベースとして、TCGAは想像を絶する貴重な情報を負いません。

 

等、マルチオミクスデータ解析TCGAデータベースを癌、エピジェネティック基、トランスクリプトームおよびプロテオームの33のゲノムを組み合わせることにより、AIPuFuプラットフォーム(www.aipufu.com)ユーザ深さを助ける対応する遊離アプリケーションの様々な開発種々の癌をマイニングマルチオミックスデータ、腫瘍形成の分子機構を(よりエキサイティングなマイクロチャンネル公衆番号に注意を払ってください。AIPuFuBio)探検。

 

現在、TCGAデータAIPuFuプラットフォームは、マイニング・アプリケーションである提供しています。

図1に示すように、「異なった性別、年齢、人種、臨床病期、生存曲線(TCGAデータ)の腫瘍のクエリの種類」

住所:http://www.aipufu.com/goods-507.html

 

 

2、「クエリは、様々な癌遺伝子のメチル化差異ケース(TCGAデータ)を制御します」

住所:http://www.aipufu.com/goods-504.html

 

 

図3に示すように、「癌と、遺伝子発現の制御に様々な違いに関する情報(データTCGA)」を

住所:http://www.aipufu.com/goods-503.html

 

 

4、《查询各类肿瘤中两个蛋白的表达水平相关性(CPTAC或TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-394.html

 

 

5、《查询各类癌症中不同类型基因变异情况总结(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-386.html

 

 

6、《绘制各类肿瘤中给定基因/miRNA的表达或甲基化热图(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-376.html

 

 

7、《查询各类肿瘤中基因表达或甲基化水平相关性最高的前15个基因(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-374.html

 

 

8、《查询各类肿瘤与正常组织中基因的甲基化差异情况(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-363.html

 

 

9、《查询各类肿瘤与正常组织中基因的表达差异情况(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-362.html

 

 

10、《查询各类肿瘤中两个基因启动子区域的甲基化水平相关性(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-361.html

 

 

11、《查询各类肿瘤与对照的基因表达或miRNA表达火山图(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-358.html

 

 

12、《查询各类肿瘤中基因的甲基化与表达水平之间的相关性(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-357.html

 

 

13、《查询各类肿瘤中基因突变的转换和颠换比率情况(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-356.html

 

 

14、《查询各类肿瘤中基因突变与病人生存时间的关系(生存曲线,TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-353.html

 

 

15、《查询各类肿瘤中基因突变对蛋白功能域的影响(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-351.html

 

 

16、《查询各类肿瘤中不同基因突变类型在临床分期中的分布(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-350.html

 

 

17、《查询各类肿瘤中突变在基因上的分布及影响(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-349.html

 

 

18、《查询各类肿瘤中不同基因突变之间的互斥和共现关系(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-348.html

 

 

19、《绘制不同肿瘤中给定基因/miRNA的表达或甲基化热图(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-347.html

 

 

20、《查询各类肿瘤中两个基因/miRNA的表达或甲基化相关性(TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-345.html

 

 

21、《查询各类肿瘤中病人生存时间与基因表达的关系(生存曲线,TCGA数据)》

地址:http://www.aipufu.com/goods-343.html

 

 

使用示例:

《查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线(TCGA数据)》

 

一、首先可通过两种不同方式找到如下产品:

1、首页(www.aipufu.com)-->所有产品分类-->动物-->人-->TCGA-各类肿瘤数据-->查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线(TCGA数据);

2、首页(www.aipufu.com)-->搜索框-->输入相关的关键词“TCGA”-->查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线(TCGA数据)。

产品地址:http://www.aipufu.com/goods-507.html

 

二、功能和使用方法

产品功能:《查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线(TCGA数据)》产品利用TCGA数据集中肿瘤的各种临床信息,绘制特定肿瘤中选定属性(如年龄、性别、种族、分期等)的生存曲线。

 

使用方法:

1、设置参数:

(i) 在“TCGA肿瘤”中选择您感兴趣的一种肿瘤,有33种肿瘤可供选择,示例中选择了BRCA(Breast invasive carcinoma,乳腺浸润性癌); 

(ii)在“标题”处输入您想在图中显示的标题,示例中为BRCA; 

(iii) 在“属性”中选择您感兴趣的层面,有age(年龄),gender(性别),race(人种)和stage(临床分期)四个层面可供选择,示例中为stage; 

(iv)在“时间单位”处选择一种您想要您想在图中使用的病人生存时间单位,目前仅支持month(月),示例中选择了month;

(v)在“时间范围(month)”中选择您想在图中显示的病人生存时间范围,有60,120,240和不限四种选择,示例中选择了120;

(vi)若您勾选了“发送到邮箱”,结果将会同时发送到您的邮箱。

(vii)单击“立即运行”,结果图片将在下方显示。

具体如下图所示:

 

 

2、上面的参数设置运行的结果如下图所示,结果显示了乳腺癌中四个临床分期的患者的生存时间存在显著差异(P-value=2.28e-19)。您可在右上角“下载图片”处下载该结果的PDF文件,从而可进一步转换为jpg、tiff、png等其他格式。

 

 

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転載: www.cnblogs.com/aipufu/p/11564461.html