RM（リスト= LS（）） ライブラリ（GSVA） ライブラリ（GSEABase） ライブラリ（GSVAdata） ライブラリ（msigdbr） ライブラリ（org.Hs.eg.db） ライブラリ（スーラ） ライブラリ（Rtsne） setwd（" / heartdata8t_A / zhangpeng / Final.results / Final_Project_III / GSVA " ） ### cannicalc2BroadSetsマージ データ（c2BroadSets）を canonicalC2BroadSets < - c2BroadSets [C（grepの（" ^ KEGG " 名（c2BroadSets）） はgrep（" ^ REACTOME 」、名（c2BroadSets） ）、 はgrep（" ^ BIOCARTA" 名（c2BroadSets）））] ##ホールマーク遺伝子セットを追加 m_df = msigdbr（種= " ホモサピエンス"カテゴリ= " H " ） gset.all < - ユニーク（m_df $ gs_name） のために（geneset_i で 1 ：長さ（ gset.all））{ names_geneset_i < - gset.all [geneset_i] entrez_gene_geneset_i < - として .character（ユニーク（m_df $ entrez_gene [（m_df $ gs_name == gset.all [geneset_i]）]）） 特質遺伝子セット（ - < entrez_gene_geneset_i、geneIdType = EntrezIdentifier（）、 CollectionTypeは = BroadCollection（カテゴリ= " C2 "）のsetName = names_geneset_i） canonicalC2BroadSets < - GeneSetCollection（C（canonicalC2BroadSets、特質）） } ##の追加ヒト -curated遺伝子セット（GEO / 癌） 負荷（" GC.signature.Rdata " ） GC.signature < - として .character（mapIds（org.Hs.eg.db、GC.signature、' ENTREZID '、' SYMBOL ' ）） GC.signature < -遺伝子セット（GC.signature、geneIdType = EntrezIdentifier（）、 CollectionTypeは = BroadCollection（カテゴリ=" C2 "）のsetName = " GC.signature " ） canonicalC2BroadSets < - GeneSetCollection（C（canonicalC2BroadSets、GC.signature）） 負荷（" GC.signature.literature.Rdata " ） GC.signature.literature < - として .character （mapIds（org.Hs.eg.db、GC.signature.literature、' ENTREZID '、' SYMBOL ' ）） GC.signature.literature < -遺伝子セット（GC.signature.literature、geneIdType = EntrezIdentifier（）、 CollectionTypeは = BroadCollection（カテゴリ= "C2 "）のsetName = " GC.signature.literature " ） canonicalC2BroadSets - < GeneSetCollection（C（canonicalC2BroadSets、GC.signature.literature）） GSVAスコアを計算＃は上記キュレーションデータセットのベース 負荷（" subset.epithelial.cells.gcを.signature.Rdata " ） processed.data < - など.matrix（epithelial.cells.re.subset.GC.signatureの@アッセイの$ SCT @をカウント） rownames.processed.data < - rownames（processed.data） entrez.rownames。 processed.data < - など.character（mapIds（org.Hs.eg.db、rownames.processed.data、' ENTREZID '、' SYMBOL ' ）） invalid.index < -た（ある.na（entrez.rownames.processed.data）） 処理。データ < - processed.dataの[ - invalid.index、] rownames（processed.data） < - entrez.rownames.processed.dataの[ - invalid.index] esmicro.processed < - gsva（processed.data、canonicalC2BroadSets、min.sz = 5、max.sz = 500 、 mx.diff = TRUE、冗長= FALSE、parallel.sz = 1、kcdf = " ポアソン"） ##結果 ＃ライブラリ（pheatmap） ＃esmicro.processed < - esmicro.processed [grepの（" KEGG " 、rownames（esmicro.processed））] ＃1 pheatmap（esmicro.processed） セーブ（esmicro.processed、ファイル = " esmicro.processed.Rdata " ） tsne < - Rtsne（esmicro.processedは、=暗く2 ） プロット（tsneする$ Y） エピ - < [email protected] BB < -エピ$ SCT_snn_resを。1 [（エピ$のSCT_snn_res。1 == 5 ）] BB < -エピ[（エピ[ 12 ] == 5 ）] CC < -エピ[（エピ[12] == 30 ）] AA < - rbind（BB、CC） g1.index < - rownames（AA） プロ < - esmicro.processed G1 <-Pro【、その（COLNAMES（プロ）％で％のg1.index） 】 G2 <-Pro [-which（COLNAMES（プロ）％で％のg1.index）] ヒートマップ（PRO） pathway_name = rownames（G1） TM < -リスト（' P値' = C（）、' Pathway_name ' = C（）） cell.types < - ユニーク（Idents（epithelial.cells.re）） ライブラリー（pryr） #setClass（" All_results "、スロット=リスト（C0_resultsは= " data.frame " ）） #all_results - < 新規（" All_results "、C0_results = 商標） cell.types 位ため（I 中の 1 の長さ（： cell.types））{ ＃印刷（（として.numeric（cell.types [I]））） ＃NAME = paste0（" TM_ "、として.numeric（cell.types [I]）） #eval（パース（名前）） < -リスト（' P値'= C（）、' 'Pathway_name ' =のC（）） #append（all_ans、リスト（名 = C（））） ＃} ため（J でcell.types）{ CC < -エピ[（エピ[ 12 ] == j）は、】 インデックス < - rownames（CC） G1 <-Pro [（COLNAMES（プロ）％で％のインデックス）] pathway_name = rownames（G1） G2 <-Pro [-which（COLNAMES（プロ）％で％のインデックス）] TM < -リスト（' P値' = C（）、Pathway_name ' =C（）） ## t.test ため（I における 1：DIM（G1）[ 1 ]）{ 結果 < - t.test（G1 [I、]、G2 [I、]）の$ p.valueの TMの$ ` P -value` <-append（商標$ `P- [値]、結果） TM $ Pathway_name < - 追加（TM $ Pathway_name、pathway_name [I]） } 割り当てる（ペースト（" TM_ "、J、9月= "" ）、登録商標） } 印刷（結果） data.frame（） p.val、pathway_nameの 結果[celltype_i] < - data.frame DFTM < - data.frame（TM） DFTM< - DFTM [ソート（DFTM $ P.value、インデックス戻り = TRUE）を$ IX、】 ダウン < -サンプル（COLNAMES（プロ）、丸（nrow（プロ）/ 5 ）） 、A < - プロ[DOWN] ヒートマップ（a）は raw.data 結果 < - リスト（） cell.types < - ユニーク（Idents（epithelial.cells.re）） のために（celltype_i でcell.types）{ ## t.test data.frame（） P。ヴァル、pathway_nameの 結果[celltype_i] < - data.frame }
主要部分 "
1 ため（J でcell.types）{ 2 CC < -エピ[（エピ[ 12 ] == j）は、] 3 -インデックス< rownames（CC） 4 G1 <-Pro [（COLNAMES（プロ） ％での％のインデックス）] 5 pathway_name = rownames（G1） 6 G2 <-Pro [-which（COLNAMES（プロ）％で％のインデックス）] 7 TM < -リスト（' P値' = C（）、' Pathway_name ' =のC（）） 8 ## t.test 9 ため（I における 1：DIM（G1）[ 1 ]）{ 10件 の結果< - t.test（G1 [I、]、G2 [I、]）$ p.value 11 TM $ `P-[値] <-append（TMの$` P- [値]、結果） 12 TM $ pathway_name < - 追加（TM $ pathway_name、pathway_name [I]） 13 } 14 アサイン（ペースト（" TM_ "、J、SEPが= "" ）、登録商標） 15 } 16 17 印刷（結果） 18