位置情報と床との間の差VCF

位置情報と床との間の差VCF

VCFと1塩基から一般GFFがカウントを開始し、真の位置の染色体によって表される、すなわち、ロケーションファイル
ベッドファイルの場所が共通表し、0からカウントを開始し、すなわち、半閉鎖区間である（0200 】200bpの配列の長さを表し、染色体上の開始位置は、実際には200に1を位置決め

pysam処理と類似のベッドだけでなく、半分閉じた間隔は、ゼロから数え。
でカウントが開始さsamtools 1

• 配列の位置情報抽出方法

samtoolsエキス

samtools faidx Vv.12X.dna.toplevel.new.fa 14:6372587-6372787 4:1854642-1854842 >result3.fa

bedtoolsエキス

bedtools getfasta -fi Vv.12X.dna.toplevel.new.fa -bed snp.pos.newname.bed -name -fo result4.fa

pysamエキス

>>> import pysam
>>> ref = pysam.FastaFile('Vv.12X.dna.toplevel.new.fa')
>>> Chr,Start,End = '14','6372587','6372787'
>>> print(ref.fetch(Chr)[int(Start)-1:int(End)])

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