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BWAインデックス -a bwtsw -pのT1 t1.fa 1 > t1.bwa_index.log 2 >&1 

#$ LL 
#total 292K  -rw-rを- r--の1 XXX 638 7月23  1055 t1.amb  -rw-R - r--の1 XXX 183年07月23  1055 t1.ann  -rw-R - r--の1 XXX 98K年07月23 1055 t1.bwt  -rw-R - r--の1 XXX 99K年07月23  1054 t1.fa  -rw-R - r--の1 XXX 25K年07月23  1055 t1.pacの - RW-R - r--の1 XXX 49K年07月23  1055 t1.sa  -rw-R - r--の1 XXX   70年07月23  1057 t1.bwa_index.log  -rw-R - R - 1 XXX    0 7月23 1056  wのSH 

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.ambは、REF FASTAにN(または他の非ATGC)の外観を記録するために、テキストファイルです。
.ANNは参照配列、名前、長さ、などを記録するために、テキストファイルである
.bwtあるバイナリ、バローズ-ウィーラー変換された系列を。
.pacは、バイナリ、パッケージ化配列(4塩基対が1つのバイトをコードする)です。
.saは、バイナリ、接尾辞配列のインデックスです。

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転載: www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/11230549.html