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便宜上、LAMMPSのコンパイルプロセスを記録してください。元のテキストを表示するには、
私の個人的なWebサイトwww.joezhouman.comにアクセスしてください。
基本的なニーズ
最新バージョンを使用することをお勧めします。新しいバージョンでは多くのバグが修正されます。特定のバージョンについて話すのはこれ以上ありません。
コンパイル環境をインストールします
私は一般的にUbuntuを使用しているので、直接
sudo apt-get install gcc g++ gfortran
fftwをインストールする
準備ができました
*.tar.gzファイルをサーバーにダウンロードし、解凍して解凍したフォルダーに入ります
tar -zvxf fftw*.tar.gz
cd fftw*
インストール場所とインストールを構成する
一般的にユーザーのライブラリ/usr/localカタログで最高です。サブフォルダという名前のライブラリごとの名前とバージョン番号が好きです。バージョン管理が簡単/usr/local/库名/版本号で、
たとえば、/usr/local/fftw/3.3.8
sudo ./configure --prefix=/usr/local/fftw/3.3.8
sudo make -j4 #(这是并行编译，4为编译的线程数，可以加快编译速度)
sudo make install
インストールが完了するのを待ちます。
構成パス
~/.bashrcファイルを変更し、クラスライブラリインストールフォルダーの下のフォルダーbinとフォルダーをlibパスに追加します。
#My Path
export PATH=$PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/lib
対応するパスを追加してPATHしてLD_LIBRARY_PATH、いない場合は、上記のすべてを追加します。
変更後、使用
source ~/.bashrc
パスを効果的にする
mpichをインストールする
準備ができました
*.tar.gzファイルをサーバーにダウンロードし、解凍して解凍したフォルダーに入ります
tar -zvxf mpich*.tar.gz
cd mpich*
インストール場所とインストールを構成する
基本的な考え方は上記と同じですが、ここにはコマンドのみがリストされています
sudo ./configure --prefix=/usr/local/mpich/3.3.2
sudo make -j4 #(这是并行编译，4为编译的线程数，可以加快编译速度)
sudo make install
構成パス
#My Path
export PATH=$PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/bin:/usr/local/mpich/3.3.2/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/lib:/usr/local/mpich/3.3.2/lib
変更後、使用
source ~/.bashrc
パスを効果的にする
使用する
which mpirun
パスの下のbinフォルダが指定されている場合は、変更が成功していることを確認してください。
lammpsをインストールする
準備ができました
*.tar.gzファイルをサーバーにダウンロードし、解凍して解凍したフォルダーに入ります
tar -zvxf lammps*.tar.gz
cd lammps/src/MAKE*
インストール構成
上Makefile.mpiで入力したパスでファイルを見つけて変更します。このパスにそのようなファイルがない場合は、次のレベルに移動してMACHIESコピーします。
位置fftwとmpich相対パスを入力すると、最終的な効果は次のようになります
# MPICH
MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/mpich/3.3.2/include
MPI_PATH = -L/usr/local/mpich/3.3.2/lib
MPI_LIB = -lmpi -lmpl -lpthread
# FFTW
FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/fftw/3.3.8/include
FFT_PATH = -L/usr/local/fftw/3.3.8/lib
FFT_LIB = -lfftw3
# JPEG一般用不到，直接注释掉
#JPG_INC =
#JPG_PATH =
#JPG_LIB =
コンパイル
変更後、srcフォルダに戻ってコンパイルします
cd ..
make yes-all #安装所有包
make no-lib #取消安装需要外链的包
sudo make mpi -j40
成功した場合、srcパスにlmp_mpi実行可能ファイルがあります
バージョン管理
前のステップの実行を実際lammpsに使用できますが、便宜上、複数のコンパイル済みバージョンが同時に存在する必要がある場合があり、実行可能ファイルのバージョン管理を実行する必要があります。
私の方法は、lammps実行可能ファイルを私が慣れ/opt/lammpsている同じフォルダーに置くことです。
次に、lmp_LAMMPS版本号_编译版本说明名前の変更を押します
今回は
sudo cp ./lmp_mpi /opt/lammps/lmp_3Mar20_std #std 在我这里指没有任何附加文件，按yes-all+no-lib编译出来的版本
次に、対応するパスを環境変数に追加します
export PATH=$PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/bin:/usr/local/mpich/3.3.2/bin:/opt/lammps
完了です