Linuxでソフトウェアをインストールする際の一般的なバグ

1. CXXABI ...が見つかりません
   （1）文字列/xxx/libstdc++.so.6 | grep CXXABIは、最初に必要なバージョンがある
   かどうかを確認します（2）より高いバージョンのlibstdc ++。so.6.xxがあるかどうかを確認しますシステムライブラリ、通常は/ usr / lib64にあります
   （3）上位バージョンln -s libstdc ++。so.6libstdc ++。so.6.xxを再リンクしますxxを必要なバージョンに置き換えることに注意してください
   （4）モジュールがcondaをロードするとき、 Conda / libがロードされていない可能性があります。LD_LIBRARY_PATHを手動で追加するだけです。

2. git ''…引数
   が多すぎる問題の理由は、一部のシステムのgitバージョンが低すぎて新しいパラメーターを認識できないためです。自分のコンピューター用でない場合は、必要なパッケージを他の場所からダウンロードしてアップロードすることしかできません。それ（浮気しすぎる）

3. 'H5Aopen'などへの未定義の参照。-
   L/ path / to / hdf5 / lib-lhdf5を追加します。

4. 'cblas_sgemv'などへの未定義の参照。-
   L/ path / to / lapack / lib-lcblasを追加します。

5. 'sgemv_'などへの未定義の参照。-
   L/ path / to / lapack / lib-lblasを追加します。

6. '_gfortran_st_write'などへの未定義の参照。-lgfortranを
   追加します。

7. miniconda3環境の作成コマンド
   condacreate -n env_name -f env_file
   多くのオンラインチュートリアルはまだ古いバージョンです。condaenvcreateを使用してください…

8. conda install
   basemap conda installbasemapはmatplotlib3.0.0をインストールしますが、現時点ではmpl_toolkits.basemapから使用しますimport Basemap in pythonはImportErrorを報告します：名前「is_scalar」をインポートできません。pipを使用してmatplotlib3.0.0をアンインストールしてmatplotlibをインストールする必要があります2.2 .0（他のパッケージの競合がある可能性があります）

9. `for_write_seq_fmt 'への未定義の参照
   はコンパイルオプション-lifcoreを追加します

10. lapackは、 `dcopy_ 'などへの未定義のエラー参照を要求し
    ます。-llapackの後にコンパイラオプション-lblasを追加します。

11. ソフトウェアを実行すると、/ lib64 / libc.so.6：version GLIBC_2.14 'が見つかりません。libcのバージョンが低すぎるためですが、システムレベルでのアップグレードが不便であるため、次のようになります。操作强烈建议在 conda 虚拟环境中使用
    patchelf--set-interpreter / new / path /to/glibc.so.6 / path / to / execute / file
    または
    patchelf--set-rpath /new/path/to/glibc.so.6 / path / to / library / file

12. Fortranコンパイルエラー
    （1）の実際の引数と（2）の実際の引数の型の不一致（REAL（4）/ REAL（8））。
    実際、このエラーはプログラムの動作に影響しません。-fallow-argumentを追加してください。コンパイルオプションへ-不一致はスキップできます（一部のプロテストはスキップできません）

13. Fortranコンパイラmpif90エラー、バージョンgcc 10.0.2
    （1）の実際の引数と（2）の実際の引数のランクの不一致（スカラーとランク-1）
    理由：コンパイラのバージョンが高すぎ
    ます。解決策：https：// gcc。 gnu.org/gcc-10/porting_to.html
    コンパイルオプションの追加-fallow-argument-mismatch

14. Cコンパイラmpiccエラー
    エラー：AVX512でテストプログラムをコンパイルできませんでした。CコンパイラまたはCFLAGSを調整してください。
    解決策：コンパイルオプションCFLAGS = -march = sandybridgeまたは-march = haswell、march = knlを追加します。

15. libintのインストール時にgmpxx.hが見つからないのですが、gccをインストールしたときにgmpをインストールできなかったのはなぜですか？
    理由：gmpが
    インストールされている場合、Cxxはサポートされていません。解決策：gmpがインストールされている場合、。/ configure --enable-cxx --prefix ...
    root以外のユーザーの場合は、自分のアカウントでコピーをインストールできます。 。

16. X11ライブラリがありません。
    インストールにはcondaを使用することをお勧めします

conda install -c conda-forge xorg-libx11

17. X11ライブラリが呼び出されると、XauGetBestAuthByAddrなどの関数が見つからないか、libxau.soが見つからないことを示すプロンプトが表示されますが、
    引き続きcondaを使用してインストールします。

conda install -c conda-forge xorg-libxau

18. lapackのコンパイル時にmpiifortを使用すると、エラーが発生する可能性があります：second_INT_ETIME.f（53）：エラー＃6407：このシンボリック名は組み込み関数名または組み込みサブルーチン名ではありません。
    解決策：make.incでTIMER = INT_CPU_TIMEを設定します。

19. perl "bsd_glob"が％File :: Glob :: EXPORT_TAGSで定義されていない
    理由：bsd_globはPerl 5.10以降の構文であり、アップグレードする必要があります。
    解決策：perl5.28などの上位バージョンのperlをインストールします。

20. Perlエラー@INCでXML / LibXML.pmが見つかりません
    理由：新しくインストールされたperlにはxmlモジュールがありません
    解決策：cpan -i XML :: LibXML

21. 認識されないコマンドラインオプション「-fstack-protector-strong」
    理由：gccバージョンが低すぎる
    解決策：gcc5.4.0などのより高いバージョンのgccが必要です

22. コンパイル時エラー＃6580：名前のみ-リストに存在しません。[MPI_INFO_NULL] mpiのみを使用してください：MPI_COMM_NULL、MPI_INFO_NULL！_EXTERNAL
    理由：iccコンパイラのバージョンが低すぎます
    解決策：Intel2017コンパイラなどのより高いバージョンのiccを使用してください

23. Python GLIBC2.14がありません

patchelf --set-interpreter /path/to/glibc-2.14/lib/ld-linux-x86-64.so.2 /path/to/python

24. gccおよびg ++は、コンパイル時に「ld」を見つけることができません。
    理由：システム内のbinutilsのバージョンが低すぎます。
    解決策：

    1）リモートサーバーの場合は、システムにconda環境があることを確認してから、binutilsを直接condaインストールできます。2
    ）パーソナルコンピューターの場合は、yumまたはapt-getを使用してインストールできます。

25. gcc 10 + openmpiでコンパイルする場合：（1）の実際の引数と（2）の実際の引数の型の不一致（INTEGER（4）/ LOGICAL（4））
    理由：gccバージョンが高すぎます。
    解決策：置き換える必要はありません。コンパイラ。ただし、コンパイルオプションFFLAGSおよびFCFLAGESに「-w-fallow-argument-mismatch-O2」を追加します。

26. エラー：そのような命令はありません： `vpbroadcastw％xmm2、％xmm2 '
    理由：avx2の問題には2つの解決策があります
    ：1。コンパイルの選択に-march = nativeを追加します（独自のマシン構成を参照）。このメソッドはそうではない可能性がありますソフトウェアのコンパイル時に機能します。2。ソフトウェアのコンパイルでは、通常、configureにavx2オプションがあり、オフにすることができます（-no-avx2 / --disable-avx2）

27. Pythonユーティリティmpi4pyがslurmに送信され、次のエラーが発生しました

python: error: Invalid user for SlurmUser slurmadmin, ignored
python: error: Invalid user for SlurmUser slurmadmin, ignored
python: error: plugin_load_from_file: dlopen(/xxxx/slurm-16.05.3/lib/slurm/auth_munge.so): libmunge.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
python: error: Couldn't load specified plugin name for auth/munge: Dlopen of plugin file failed

理由：patchelfを使用してglibcをpythonに追加した後、表示され、依存ライブラリのロードでエラーが発生する可能性があります。
解決策：condaでpythonを再インストールします。他のライブラリがpipプロンプトGLIBC_2.14でインストールされている場合は、コンダ

（Condaは依存関係の問題を自動的に解決します）

28. つづく。。。。