GROMACSの紹介
GROMACSは、分子動力学シミュレーションとエネルギー最小化のための計算エンジンです。
科学技術の発展は世界中に広がり、物事の議論、特にマイクロダイナミック現象の研究はますますコンピューターに依存しています。したがって、シミュレーション技術、実験、理論の組み合わせは、現在および将来認識され、推進されている研究方法です。分子動力学シミュレーションは、実験現象を説明し、理論結果を検証するだけでなく、予測的な役割も果たします。生物学、医学、材料、化学、その他の分野で広く使用されています。
分子動力学シミュレーションの研究では、オープンソースのフリーソフトウェアGROMACSが広く使用されています。数百万の粒子システム、特にリン脂質二重層バイオフィルム、タンパク質、薬物分子などの生物学的システムの分子動力学シミュレーション研究に使用できます。さらに、GROMACSは非結合相互作用を非常に迅速に計算できるため、ポリマー、一部の有機物、無機物などの非生物学的システムでも使用できます。GROMACSには多くの機能と利点があるため、研究者によって広く研究され、適用されています。
GROMACSの機能と利点
（1）オープンソース、無料および無料で使用できます。
（2）ソフトウェアのダウンロード、インストール、使用など、豊富なオンライン資料。
（3）ポジションがより包括的で、適用範囲が広く、操作性が強い。たとえば、生体系にはリン脂質分子、アミノ酸、イオン、水に対応する位置があります。さらに、実験結果によれば、対応する分子の位置パラメータも追加することができます。
（4）操作が簡単で、シミュレーションの難しさが大幅に軽減されます。たとえば、GROMACSはスクリプトファイルを必要とせず、多くのコマンドと入力ファイルがあり、対応するパラメータを設定するだけで済みます。簡単なコマンドラインで実行でき、プログラムしたり、問題を分析するために分析ソフトウェアを使用したりする必要はありません。 。エラーが発生すると、エラーメッセージが表示され、Webサイトに関連する解決策があります。
（5）より大規模なシステムを計算でき、実行速度が速く、計算時間は柔軟で自由です。GROMACSは、並列計算と分析に標準MPIを使用します。計算速度は速く、システムは数百万の粒子に到達できます。GROMACSは、計算を高速化するためにGPUアクセラレーション処理を選択することもできます。そして、GROMACSのアルゴリズムは絶妙で、計算が終了した後、計算を続行する時間を延長できます。
（6）非可逆圧縮技術を使用して出力ファイルを保存するため、ファイルの送信に便利です。
（7）入力ファイルと出力ファイルは簡単に入手できます。たとえば、リン脂質二重膜、タンパク質構成ファイルはWebサイトで直接生成またはダウンロードでき、タンパク質トポロジーファイルはGROMACSを介して自動的に直接生成できます。パラメータ設定ファイルはウェブサイトで入手できます。パラメータを変更するだけです。
（8）継続的な更新により、機能、アルゴリズム、精度、計算速度が改善された新しいバージョンのGROMACSが引き続き登場しますが、入力ファイルと軌道ファイルはハードウェアとは関係がないため、異なる方法で読み取ることができます。 GROMACSのバージョン。
さらに、GROMACSホームページには、関連するインストールパッケージのダウンロードリンクと、ソフトウェアに関連するドキュメントがあります。インストールおよび使用中に報告されたエラーなど、知りたいことを検索バーで検索することもできます。
gromacsソフトウェアインストールパッケージ
（1）Cmakeソースコードコンパイルパッケージのダウンロードアドレス：https：
//cmake.org/files/ $ tar zxvf cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz（インストールパッケージを解凍）
$ cd cmake-3.10.2 -Linux -x86_64（ディレクトリを入力してください）
$ ./bootstrap
$ make
$ sudo make install
（2）gccをインストールし、最新バージョンを選択します
（3）gromacsパッケージのインストール（cmakeのダウンロードバージョンの日付がgromacsのバージョンの日付よりも大きい）
パッケージのダウンロードアドレス：http：//www.gromacs.org/Downloads_of_outdated_releases
インストール手順
（1）ソフトウェアパッケージをダウンロードします：cmake-x1.x2.x3.tar.gz、fftw-x1.x2.x3.tar.gz、openmpi-x1.x2.x3.tar.gz、gromacs-x1.x2。 x3 .tar.gz
（2）解凍
tar -xvf cmake-x1.x2.x3.tar.gz
tar -xvf fftw-x1.x2.x3.tar.gz
tar -xvf openmpi-x1.x2.x3.tar.gz
tar -xvf gromacs-x1.x2.x3.tar.gz
注：中央にスペースがあり、次の内容は同じです。次のpwdがインストールパスです。ソフトウェアがhome / users / software / gromacsフォルダーにインストールされている場合、パスは上のフォルダーパスではありません。 、ただし、選択したソフトウェアのインストールパスはどこにありますか。
（3）fftwインストール：
cd fftw-x1.x2.x3
./configure --prefix=/pwd/fftw-3.3.4 --enable-mpi --disable-shared
注：エラーが後で報告されないようにするには、Makefileで次の変更を行います
。CC= mpicc
CCAS = mpicc
CCASDEPMODE = depmode = gcc3
から
CC = mpicc -fPIC
CCAS = mpicc
CCASDEPMODE = depmode = gcc3
次に進みます。
make
make install
make disclean
./configure --prefix=/pwd/fftw-x1.x2.x3 --enable-mpi --disable-float
ルートディレクトリの.bashrcファイルに環境変数を追加します。
export CPPFLAGS=”-I/pwd/fftw-x1.x2.x3/include”
export LDFLAGS=”-L/pwd/fftw-x1.x2.x3/lib”
（4）cmakeのインストール：
cd cmake-x1.x2.x3
./configure --prefix=/pwd/cmake-x1.x2.x3
gmake
gmake install
ルートディレクトリの.bashrcファイルに環境変数を追加します。
export PATH=/pwd/cmake-x1.x2.x3/bin/:$PATH
（5）Openmpiのインストール
cd openmpi-x1.x2.x3
./configure --prefix=/pwd/openmpi-x1.x2.x3
make
make install
openmpiの環境変数を追加します
export PATH=/pwd/openmpi-x1.x2.x3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/pwd/openmpi-x1.x2.x3/lib
（6）Gromacsのインストール：
cd gromacs-x1.x2.x3
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/pwd/gromacs-x1.x2.x3 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/pwd/fftw-x1.x2.x3/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/pwd/fftw-x1.x2.x3/include/" -DCMAKE_C_COMPILER=/pwd1/gcc-x1.x2.x3/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/pwd1/gcc-x1.x2.x3/bin/g++ -DGMX_MPI=on
（上記は全体であり、pwd1はgccとg ++のパスであり、検索に使用できます）
make
make install
環境変数を追加する
export PATH=/pwd/gromacs-x1.x2.x3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/pwd/gromacs-x1.x2.x3/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
インストールが完了したら、.bashrcファイルをコンパイルしてコマンドを入力します。〜 / .bashrcを
使用してgromacsを使用できるかどうかをテストし、コマンドgmx_midを入力します。コマンドが見つからない場合、インストールは成功します。
もちろん、gromacsにはLinuxバージョンだけでなくWindowsバージョンもあります。それをコンピューターにインストールし、一連の操作の後に実行可能ファイルを取得して、タスク送信のためにサーバーにアップロードすることができます。