LinuxにPyMOLのオープンソースバージョンをインストールします
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オープンソース哲学
近年、チークに対するさまざまな禁輸の脅威はすべての人に明らかです。隣の石工（HITの学生は自分たちを「労働者」と呼び、私は彼らを「石工」と呼びます）はMATLABを使用して競争に参加することができません。したがって、この記事では、PyMOLのオープンソースバージョンをインストールします（商用バージョンおよびクラックされたバージョンと明確に区別するため）。
この記事は何ですか
この記事は、LinuxにオープンソースバージョンのPyMOLをインストールするためのチェックリストチュートリアルです。
この記事ではないもの
この記事はまだ女性のドレスのチュートリアルではありません。
PyMOLの紹介
PyMOLは、有名なコンピューター支援ドラッグデザイン開発者Schrödingerによって発売されたタンパク質視覚化ソフトウェアです。商用ソフトウェアとして、PyMOLはオープンソース、教育、および商用バージョンに分けられます。Schrödinger社も食事をする予定であるため、オープンソースバージョンは機能がわずかに制限されています。PyMOLのオープンソースバージョンと商用バージョンの関係は、Visual StudioCodeとVisualStudioの関係に似ています。
環境を作る
PyMOLとchempyおよびその他のパッケージとの競合のため、デフォルト環境で競合するパッケージをインストールしすぎると、Guを上げることになります。したがって、「pymol」と呼ばれる仮想環境を作成して、PyMOLがAnacondaの基本環境から分離されるようにします。
source ~/anaconda3/bin/activate root
# 启动Anaconda默认环境
conda create -n pymol
# 创建pymol环境
conda activate pymol
# 启动pymol环境
コードを1行ずつ入力し、完了後にターミナルを閉じないで、次の手順で使用することをお勧めします。
PyMOLホイールと依存関係をインストールします
PyMOLと、必要なnumpy、mkl、およびpmwパッケージの仮想環境へのインストールを完了します。
不明な理由によりpipが正常にデプロイされないため、最初にpipをインストールしてから、numpy、mkl、pmwをインストールします。
conda install pip
pip install numpy mkl pmw -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
明らかに、邪悪な資本家のSchrödinger社は、PyMOLソフトウェアのオープンソースバージョンを簡単に入手することを許可しません。でも
カリフォルニア大学アーバイン校は、構築されたオープンソースホイールを提供していますが、提供されているwhlファイルはWindowsシステムにのみ適用可能です（ここでピットを踏みました）。したがって、最初からコンパイルする必要があります。
読む前にここを読んでください
この時点で、関連するコンテンツは私が得意なものではないことがわかりました。また、PyMOLは実験プロセスの最後のステップですが、Windowsシステムで関連作業を完了するのは良くありませんか？Ubuntuを使用するには自分を拷問する必要があります。したがって、この記事はここで終了します。読者がまだ最初からコンパイルしようとしている場合は、関連する手順を完了するには、次の情報で十分です。