1.ソフトウェアが配置されているミラーを見つけます
condaを使用してソフトウェアをインストールするための標準の構文形式は次のとおりです。
$ conda install -c <channel> <software>
どこで-cこのパラメータが非常に重要であり、それは、ソフトウェアによって指定された画像の場所をダウンロード
これらのバイオインフォマティクスにおける当社の従業員については、（ここではミラーリングとして理解さ）最も一般的なチャネルがbiocondaで、あなたはバイオインフォマティクスをインストールする場合、通常は初段bioconda公式サイトの外観にしたいソフトウェアのbiocondaの公式画像のリストにはありません
こちらがBWAの検索例です
ソフトウェアがbiocondaの公式イメージにある場合、すべて問題ありません。次のコマンドで直接インストールしてください。
$ conda install -c bioconda bwa
デフォルトのチャンネルリストにbiocondaチャンネルを追加した場合は、-cパラメーターを指定しないこともできます
しかし、必要なソフトウェアがbiocondaにない場合はどうなりますか？
次に、あなたが行うことができますanaconda search -t <software>保存するために、すべての公式のターゲットソフトウェアイメージを一覧表示します
たとえば、CNVnator（これは神レベルのピットをインストールするソフトウェアです）をインストールしたい場合、それはbiocondaにありません、実行します
$ anaconda search -t cnvnator
得到的检索结果如下：
Using binstar api site https://api.anaconda.org
Run 'anaconda show <USER/PACKAGE>' to get more details:
Packages:
Name | Version | Package Types | Platforms
------------------------- | ------ | --------------- | ---------------
pwwang/cnvnator | 0.3.3 | conda | linux-64
: a tool for CNV discovery and genotyping from depth-of-coverage by mapped reads
Found 1 packages
上記の検索結果から、CNVnatorを保存するcondaイメージは現在1つだけであることがわかります。これはpwwangです。これは、検出したイメージを指定してソフトウェアのインストールを完了する方法です。
$ conda install -c pwwang cnvnator
2. condaのPythonはシステムに付属するPythonと戦う
conda（AnacondaまたはMiniconda）をインストールすると、対応するPythonバージョンがインストールされ、システムには最初にPythonがインストールされます。現時点では、2つのバージョンのPythonが競合するため、新しいインストールされたcondaは、単にrunningなどのエラーで実行されconda list、次のエラーメッセージの長いリストが表示されます。
Error processing line 1 of /usr/local/lib/python2.7/site-packages/matplotlib-2.1.2-py2.7-nspkg.pth:
Fatal Python error: initsite: Failed to import the site module
Traceback (most recent call last):
File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/site.py", line 168, in addpackage
exec(line)
File "<string>", line 1, in <module>
File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/importlib/util.py", line 14, in <module>
from contextlib import contextmanager
File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/contextlib.py", line 5, in <module>
from collections import deque
File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/collections/__init__.py", line 27, in <module>
from reprlib import recursive_repr as _recursive_repr
File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/reprlib/__init__.py", line 7, in <module>
raise ImportError('This package should not be accessible on Python 3. '
ImportError: This package should not be accessible on Python 3. Either you are trying to run from the python-future src folder or your installation of python-future is corrupted.
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/site.py", line 73, in <module>
__boot()
File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/site.py", line 47, in __boot
addsitedir(item)
File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/site.py", line 207, in addsitedir
addpackage(sitedir, name, known_paths)
File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/site.py", line 178, in addpackage
import traceback
File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/traceback.py", line 3, in <module>
import collections
File "/disk2/yut/SOFTWARE/miniconda3/lib/python3.7/collections/__init__.py", line 27, in <module>
from reprlib import recursive_repr as _recursive_repr
File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/reprlib/__init__.py", line 7, in <module>
raise ImportError('This package should not be accessible on Python 3. '
ImportError: This package should not be accessible on Python 3. Either you are trying to run from the python-future src folder or your installation of python-future is corrupted.
上記のエラーメッセージを注意深く読んでください。これは、システムのPythonとcondaのPythonの間の競合であることがわかります（私はこの現象をピンチアンドファイトと呼びます）。これは、便利さをもたらすcondaソフトウェアインストールアーティファクトでもあります。同時に副産物をもたらす：それはあなたの環境変数を汚染します！
2つのPython環境が競合する場合、私の一般的な解決策は、システムのPythonを閉じ、システムのPythonパスを環境変数から削除することです
$ export PYTHONPATH=''
実行conda list後にエラーは報告されません
3.ソフトウェアが大きすぎてダウンロードが中断された
condaを使用したソフトウェアのインストール中によく発生する別の問題は、次のとおりです。
ソフトウェアをダウンロードしたいのですが、このソフトウェアの最下層は他のいくつかのソフトウェアに依存しているため、一緒にダウンロードしてインストールする必要があるとCondaから言われます。現時点では、このソフトウェアの山に数百MBの大きなソフトウェアがいくつかあり、ダウンロードは簡単です。ネットワーク接続が中断され、condaにはブレークポイントのダウンロード機能があります。ダウンロードが中断されると、condaはインストールプロセスを終了して終了します。
今回はあなたが試すことができますwgetので、その後、実行、次のいくつかの大規模なローカルソフトウェアのインストールパッケージを、次にcondaのデフォルトのインストールパッケージのダウンロードパスに移動しconda install、それは、これらのソフトウェアのダウンロードをスキップしますプロセス
condaのデフォルトのインストールパッケージのダウンロードと保存のパスは次のとおりです。miniconda3/pkgs
