TrackSegは、脳全体の主要な白質線維束の再構成を実現します

コードのダウンロードとインストール

https://github.com/MIC-DKFZ/TractSeg

HCPタイプ/非HCPタイプのデータ処理チュートリアル

https://github.com/MIC-DKFZ/TractSeg/blob/master/resources/Tutorial.md

白質線維束の再構成の実現例

cshellスクリプト：

#! /bin/csh

set DATA_dir=/nfs/s2/userhome/zhangdai/HCP_tractSeg/HCP_dir

foreach sub_id (100307)
	echo ${sub_id}
	cd ${DATA_dir}/${sub_id}/T1w/Diffusion

	# step 1, extracting peaks
	TractSeg -i data.nii.gz -o tractseg_output --raw_diffusion_input --csd_type csd_msmt_5tt --brain_mask nodif_brain_mask.nii.gz --bvals bvals --bvecs bvecs
	
	# step 2, calculating the beginning region and ending region
	TractSeg -i tractseg_output/peaks.nii.gz -o tractseg_output --output_type endings_segmentation
	
	# step 3, tracking on the TOMs
	TractSeg -i tractseg_output/peaks.nii.gz -o tractseg_output --output_type TOM
    Tracking -i tractseg_output/peaks.nii.gz -o tractseg_output --tracking_format tck
end

可視化ソフトウェア

https://github.com/MIC-DKFZ/MITK-Diffusion#DownloadsWindows
64ビットを選択：ダウンロードしてインストールするWindows 10実行可能ファイル（Pythonサポートなし）のバージョン。

再構築結果表示

二国間CSTの結果：