columna pygplates - Primeros pasos

Este documento cubre la instalación de pyGPlates y los tutoriales para que pueda comenzar con pyGPlates.

Instalar pyGPlates

Esta sección cubre varias formas de instalar pyGPlates

Instalar a través de conda

Se recomienda instalar pyGPlates a través de conda .

Para instalar la última versión estable de pyGPlates, ingrese el siguiente comando en una terminal o ventana de comandos (en macOS y Ubuntu esta es una ventana de terminal, en Windows debe abrir el indicador de Anaconda desde el menú de inicio):

conda install -c conda-forge pygplates

Recomendamos instalar pyGPlates en un nuevo entorno conda. Por ejemplo, el siguiente código crea y activa un entorno de Python 3.10 llamado pygplates_py310 que contiene pyGPlates y todas sus bibliotecas dependientes:

conda create -n pygplates_py310 -c conda-forge python=3.10 pygplates
conda activate pygplates_Py310

Luego puede usar pyGPlates, por ejemplo, para ver su versión:

python -c "import pygplates; pring(pygplates.__version__)"

Instalar desde binarios precompilados

Si decide no utilizar el método recomendado de instalación con conda, hay archivos binarios de pyGPlates precompilados disponibles.
Esta versión incluye los siguientes archivos pyGPlates precompilados para descargar:

# Pre-compiled for Windows:
pygplates_0.36.0_py37_win64.zip
pygplates_0.36.0_py38_win64.zip
pygplates_0.36.0_py39_win64.zip
pygplates_0.36.0_py310_win64.zip

# Pre-compiled for macOS on Intel (x86_64):
pygplates_0.36.0_py37_Darwin-x86_64.zip
pygplates_0.36.0_py38_Darwin-x86_64.zip
pygplates_0.36.0_py39_Darwin-x86_64.zip
pygplates_0.36.0_py310_Darwin-x86_64.zip

# Pre-compiled for macOS on M1 (arm64):
pygplates_0.36.0_py37_Darwin-arm64.zip
pygplates_0.36.0_py38_Darwin-arm64.zip
pygplates_0.36.0_py39_Darwin-arm64.zip
pygplates_0.36.0_py310_Darwin-arm64.zip

# Pre-compiled for Ubuntu:
pygplates_0.36.0_py36_ubuntu-18.04-amd64.deb
pygplates_0.36.0_py38_ubuntu-20.04-amd64.deb
pygplates_0.36.0_py39_ubuntu-21.10-amd64.deb
pygplates_0.36.0_py310_ubuntu-22.04-amd64.deb

Debe elegir una versión precompilada de pyGPlates que coincida con su sistema operativo (y la arquitectura de la CPU) y la instalación de Python existente. Por ejemplo, si usa macOS en un sistema M1 y su versión de Python es 3.10, debe descargar pygplates_0.36.0_py310_Darwin-arm64.zip.

Instalar desde la fuente

Esta versión incluye los siguientes archivos de código fuente de pyGPlates para descargar:

pygplates_0.36.0_src.zip
pygplates_0.36.0_src.tar.bz2

Al extraer cualquiera de estos archivos, se crea un directorio pygplates_0.36.0_src que contiene el código fuente de pyGPlates.

El código fuente generalmente se usa para compilar pyGPlates en sistemas (generalmente Linux) donde otros métodos de instalación no están disponibles.

documentación de instalación

Esta versión incluye los siguientes archivos de documentación de pyGPlates para descargar:

pygplates_0.36.0_docs.zip

Si extrae este archivo zip a su disco duro y luego abre pygplates_0.36.0_docs/index.html en un navegador web, verá la primera página de la documentación.

tutorial

El tutorial comienza proporcionando una descripción general básica de funciones y clases. Luego recorre los pasos para configurar y ejecutar un script pyGPlates simple.

¿Qué son funciones y clases?

función

Esencialmente, las funciones toman argumentos, hacen algo de trabajo y, opcionalmente, devuelven un valor. Los parámetros de función permiten pasar datos entre funciones. Los parámetros de entrada pasan datos a la función y los parámetros de salida pasan datos de la función de regreso a la persona que llama. Los valores de retorno de función también son otra forma de devolver datos a la persona que llama. Un parámetro de función puede ser tanto una entrada como una salida si la función primero lo lee (entrada) y luego lo escribe (salida).

Un ejemplo de una llamada de función pyGPlates para reconstruir la costa a 10Ma:

pygplates.reconstruct("coastlines.gpml", "rotations.rot", "reconstructed_dcoastlines_10Ma.shp", 10)

Los cuatro parámetros son parámetros de entrada porque solo pasan datos a la función (aunque 'reconstructed_coastlines_10Ma.shp' especifica el nombre de archivo para escribir la salida).

Un uso similar de la función pygplates.recnstruct() es agregar la salida reconstruida a una lista de Python (en lugar de escribir en un archivo):

reconstructed_feature_geometries = []
pygplates.reconstruct('coastlines.gpml', 'rotations.rot', reconstructed_feature_geometries, 10)

# Do something with the reconstructed output.
for reconstructed_feature_geometry in reconstructed_feature_geometries:
  ...

El parámetro reconstructed_feature_geometries ahora es un parámetro de salida porque se usa para pasar datos de la función a la persona que llama para que la persona que llama pueda realizar algunas operaciones en ella.

amable

Las clases son principalmente una forma de agrupar algunos datos en una sola entidad.

Los objetos se pueden crear (instanciar) a partir de una clase proporcionando un estado inicial específico. Por ejemplo, se puede crear (instanciar) una clase pygplates.PointOnSphere a partir de pygplates dándole una latitud y longitud específicas:

point = pygplates.PointOnSphere(latitude, longitude)

Luego puede llamar a funciones (métodos) en el objeto de punto, como consultar su latitud y longitud (este método en particular devuelve una tupla de Python):

latitude, longitude = point.to_lat_lon()

point.to_lat_lon() indica que la función to_lat_lon() se aplica al objeto de punto.

Guión introductorio de pyGPlates

Antes de comenzar esta sección, asegúrese de tener instalado pyGPlates.

código fuente

Nuestro script Python de inicio pyGPlates contendrá las siguientes líneas fuente:

import pygplates

pygplates.reconstruct('coastlines.gpmlz', 'rotations.rot', 'reconstructed_coastlines_10Ma.shp', 10)

primera fila…

import pygplates

Dile a Python que cargue pyGPlates.

Esto debe hacerse antes de que pyGPlates pueda usarse en declaraciones posteriores.

segunda linea…

pygplates.reconstruct('coastlines.gpmlz', 'rotations.rot', 'reconstructed_coastlines_10Ma.shp', 10)

Reconstruirá las líneas costeras (cargadas desde el archivo coasts.gpmlz) hasta hace 10 Ma años, según el archivo giratorio.rot, y luego guardará estas reconstrucciones en reconstructed_castlines_10Ma.shp.

guión de configuración

Primero, necesitamos crear el script de Python. Esto es realmente solo un archivo de texto con una extensión de archivo .py.
Para hacer esto, copie la línea anterior del código fuente en un nuevo archivo llamado tutorial.py (usando un editor de texto, por ejemplo).

A continuación, necesitamos un archivo de datos que contenga las líneas costeras y el movimiento de las placas.
Estos datos se pueden encontrar en GPlates Geodata .
Por ejemplo, en los geodatos de GPlates 2.3, el nombre del archivo de línea costera es Global_EarthByte_GPlates_PresentDay_Coastlines.gpmlz y el nombre del archivo de rotación es muller2019-young2019-cao2020_combinedrotation.rot