Aprenda a dibujar con NC: visualización de resultados de enriquecimiento de GSEA

trata de ser normal

1. Introducción

Un diagrama de gsea en un artículo de NC La ferroptosis inducida por neutrófilos promueve la necrosis tumoral en la progresión del glioblastoma :

artículo:

En la actualidad, la idea simple es hacer un rompecabezas , si no es suficiente, habrá algunos problemas, los resultados se muestran a continuación:

打赏我 5 个大洋Amigos, pueden contactarme en privado al final del tweet y tomar una captura de pantalla, y compartiré la literatura, los datos de prueba y el código con ustedes.

2 datos de prueba

Cargue los datos de prueba, incluidos dos canales:

# 加载R包
library(ggplot2)
library(ggnewscale)
library(aplot)

# load data
df <- read.delim('c:/Users/admin/Desktop/test_data.txt',header = T)

# 查看内容
head(df,3)
   NAME SYMBOL TITLE RANK.IN.GENE.LIST RANK.METRIC.SCORE RUNNING.ES CORE.ENRICHMENT
1 row_0   LDB3    na               173         0.2474102 0.02058329             Yes
2 row_1  GATA6    na               249         0.2274002 0.04379894             Yes
3 row_2  ABCC6    na               262         0.2252293 0.06997884             Yes
          pathway
1 ANGINA_PECTORIS
2 ANGINA_PECTORIS
3 ANGINA_PECTORIS

3Dibuja el gráfico

Primero dibuja el gráfico de arriba:

# plot
up <- ggplot(df,aes(x = RANK.IN.GENE.LIST,y = RUNNING.ES,color = pathway)) +
  # 0水平线
  geom_hline(yintercept = 0,color = 'grey',size = 1) +
  # 曲线图层
  geom_line(show.legend = F,size = 1) +
  # 颜色设置
  scale_color_manual(values = c('#4E9F3D','#FF87CA')) +
  theme_bw(base_size = 18) +
  # 主题细节调整
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.ticks.length = unit(0.25,'cm'),
        panel.border = element_rect(size = 2),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank()) +
  ylab('Enrichment score') +
  # 添加文本注释
  annotate(geom = 'text',x = 5500,y = 0.05,size = 6,
           label = 'Negative role\n(P = 0.759, FDR = 0.764)') +
  annotate(geom = 'text',x = 11000,y = 0.45,size = 6,
           label = 'Positive role\n(P = 0.004, FDR = 0.007)') +
  # 添加箭头注释
  geom_segment(aes(x = 10000,xend = 11000,y = 0.05,yend = 0.1),show.legend = F,
               arrow = arrow(length=unit(0.4,"cm"),type = 'open'),
               color = 'black',size = 0.5) +
  geom_segment(aes(x = 8000,xend = 7500,y = 0.4,yend = 0.35),show.legend = F,
               arrow = arrow(length=unit(0.4,"cm"),type = 'open'),
               color = 'black',size = 0.5)

up

4 Dibujar el diagrama de clasificación intermedia

Trace el gráfico de ordenación de genes en el medio:

# line
mid <- ggplot(df,aes(x = RANK.IN.GENE.LIST,y = pathway)) +
  # 线图层
  geom_vline(aes(xintercept = RANK.IN.GENE.LIST,
                 color = pathway),
             show.legend = F,size = 0.5) +
  # 颜色
  scale_color_manual(values = c('#4E9F3D','#FF87CA')) +
  theme_classic(base_size = 18) +
  # 分面
  facet_wrap(~pathway,ncol = 1) +
  # 主题调整
  theme(strip.background = element_blank(),
        strip.text = element_blank(),
        axis.ticks.length = unit(0.25,'cm'),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.line.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        axis.line.y = element_line(color = 'white'),
        axis.title.y = element_text(color = 'white'))

mid

5 Mapa de calor inferior

Finalmente, se dibuja el mapa de calor subyacente, pero no sé de qué color se llena el color, creo que puede ser la posición ordenada:

# heatmap
bot <- ggplot(te,aes(x = x,y = 1,fill = x)) +
  # 条形图层
  geom_col(width = 1,show.legend = F) +
  # 颜色
  scale_fill_gradient2(low = 'red',mid = 'white',high = 'blue',
                       midpoint = max(df$RANK.IN.GENE.LIST)/2) +
  # 设置刻度标签
  scale_x_continuous(breaks = seq(0,max(df$RANK.IN.GENE.LIST),3500),
                     labels = seq(0,max(df$RANK.IN.GENE.LIST),3500)/1000) +
  theme_classic(base_size = 18) +
  coord_cartesian(expand = 0) +
  # 主题调整
  theme(axis.ticks.y = element_blank(),
        axis.text.y = element_blank(),
        axis.title.y = element_blank(),
        axis.line.y = element_blank(),
        axis.line.x = element_blank(),
        axis.ticks.length = unit(0.25,'cm')) +
  # 轴标签
  xlab('Ranked in ordered dataset\n(x1000)') +
  labs(caption = c("MES", "PN")) +
  # 添加注释
  theme(plot.caption = element_text(hjust=c(0, 1),color = c('red','blue')))

bot

6 rompecabezas finales

Finalmente armarlo y ver:

library(patchwork)
up + mid + bot + plot_layout(nrow = 3,heights = c(1,0.2,0.1))

hice lo mejor que pude.

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