La computadora Mac debe configurarse antes de iniciar sesión
Para Mac Pro , a menudo hay una situación: el inicio de sesión no es un problema, pero habrá problemas si no opera durante más de 5 minutos , no puede ingresar y debe reiniciar 终端. La solucion es:
[1] En mac, abra la terminal y no inicie sesión en el servidor
[2] Luego ejecute el siguiente comando localmente
cat >~/.ssh/config
Host *
ServerAliveInterval 120
TCPKeepAlive no
^C
Servidor de inicio de sesión
Abra el buzón y busque el correo electrónico enviado por el Sr. Zeng a todos, que contiene el nombre de usuario, la contraseña y la dirección IP. El método de inicio de sesión es : ssh 用户名@ip地址, como:
ssh [email protected]Ingrese, luego ingrese la contraseña
Modificar la coincidencia de color de la línea de comando
Copie y pegue las siguientes dos líneas de código:
echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrcVer documentación de ayuda
comando man, comando de ayuda o parámetro --help de un comando
man ls ## 用 man 命令查看 ls 命令的帮助文档
help ls ## 用 help 命令查看 ls 命令的帮助文档
ls --help ## 用 --help 参数查看 ls 命令的帮助文档comando pwd
comando ls
Enumere los archivos del directorio:
ls ## 列出当前目录的文件
ls ./ ## 同上，‘.’号代表当前目录
ls ./*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls ../ ## 列出上层目录的文件
ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息
ll ## ls -la 的简写
ls -lh ## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小
ls -lh / ## 列出根目录下文件的详细信息comando cd
Cambiar directorio de trabajo
cd .. ## 切换到上层目录，相对路径
cd / ## 切换到根目录
cd /teach/ ## 切换到根目录下的teach，绝对路径
cd - ## 返回上一次的工作目录
cd ~ ## 回到用户家目录
cd ## 同上，回到用户家目录mkdir
# 创建目录
mkdir dir0
ls
mkdir dir0/sub1/sub2
ls
ls dir0
mkdir -p dir0/sub1/sub2
ls dir0
ls dir0/sub1/
mkdir -p test{1..3}/test{1..3}
tree
comando mkdir
Introducción al comando mkdir
El comando mkdir se utiliza para crear un directorio con un nombre especificado. El usuario que lo crea debe tener permiso en el directorio actual y el nombre de directorio especificado no puede ser un directorio existente en el directorio actual.
Formato de comando
mkdir [opciones] [directorio]
Parámetros de comando
-m --mode = mode, al crear un directorio, establezca los permisos del directorio al mismo tiempo;
-p --parents si el directorio de nivel superior creado aún no se ha creado, también creará el de nivel superior directorio;
-v --verbose crea uno nuevo cada vez que Todos los directorios muestran información
-h --help ayuda información
Ejemplos de comandos de uso común
Crear un directorio vacío test1
prueba mkdir1
Crea varios directorios de forma recursiva
mkdir -p / test2 / test22
Crea un directorio con 777 permisos
mkdir -m 777 test3
Crea / text5 / text6 en el directorio actual con un permiso de 750
mkdir -pm 750 text5 / text6
toque
ls
touch file.txt new.txt
ls
touch file{1..5}
ls
rm
rm -i file.txt
ls file*
rm file*
rm -r test1
Comando-rm
El formato estándar de una instrucción completa:
Formato común de Linux: # cuerpo del comando (espacio) [ opción] (espacio) [ objeto operativo]
Una instrucción puede contener múltiples opciones y los objetos de operación también pueden ser múltiples.
Comando: rm (eliminar, eliminar, eliminar)
Rol: eliminar / eliminar documentos
Sintaxis : #rm [opción] La ruta del documento que se eliminará [ruta 2 ruta 3…]
Opciones:
-f: forzar, forzar eliminación, no preguntar si desea eliminar
-r: recursividad, que significa recursividad [si el objeto de operación es un directorio, entonces -r debe]
Generalmente en uso, si está seguro de eliminar el comando directamente: #rm -rf ruta del archivo.
mv
mv file1 Data/file2cp
cp readme.txt Data/
mkdir dir0
cp -r dir0 Data/en
ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./alquitrán
## 解压
tar -zxvf Data.tar.gz
## 压缩
tar -zcvf Data.tar.gz Data ...gato
cat readme.txt
cat -n readme.txt
## 写入文件
cat >file
Welcome to Biotrainee() !
^C ## 这里是按Crtl C
## 查看
cat file
Welcome to Biotrainee() !la cabeza de la cola
head -n 20 Data/example.fq
## 查看 .bashrc 的最后 10 行
tail ~/.bashrc
## 查看第20行
head -n 20 Data/example.fq | tail -1Menos
Presione q para salir
less Data/example.fq
less -S Data/example.fq
less -N Data/example.fq
zless -N Data/reads.1.fq.gzbaño
cat -n readme.txt
cat readme.txt | wc
wc -l readme.txt
cortar
less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5
less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1
ordenar
less -S Data/example.gtf | sort -k 4 | less -S
less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S
uniq
less -S Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c
pegar
less -S Data/example.fq | paste - - - | less -S
paste file1 file2
tr
cat readme.txt | tr 'e' 'E'
cat readme.txt | tr '\n' '\t'
cat readme.txt | tr -d 'e'
grep
grep Biotrainee -r ./
less -S Data/example.fq | grep 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -w 'gene'
less -S Data/example.fq | grep -v -w 'gene'
Expresión regular
cat readme.txt | grep '^T'
cat readme.txt | grep ')$'
cat readme.txt | grep 'f.ee'
cat readme.txt | grep 'f\?ee'
cat readme.txt | grep 're\+'
cat readme.txt | grep [bB]
y
cat readme.txt | sed '1i Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1a Welcome to Biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1c Welcome to Biotrainee()
cat readme.txt | sed 's/is/IS/g'
cat readme.txt | sed '/^$/d'
cat readme.txt | sed 'y/abc/ABC/'
awk
less -S Data/example.gtf | awk '{print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{print $9,$10}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk -F '\t' '{print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") print $0}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") {print $0} else{print $3 " is not gene "}}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk '/gene/{print $0}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{print "find UTR feature"} /UTR/{print $0} END{print "end"}'
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t"} {print $9}' | less -S
less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"} {gsub("gene","Gene",$3);print $0}' | less -S