Multiple Sequence Alignment y logros

Enlaces
http://journals.sagepub.com/doi/10.3181/0903-MR-94 (coronavirus minireview)
http://www.biotrainee.com/thread-2253-1-1.html (árbol filogenético relacionados)
https://blog.csdn.net/Cccrush/article/details/90695891 (detalles varios métodos de construcción de árboles evolutivos y principios)

Las especies objetivo y la secuencia

Especie: coronavirus en siete tipos de virus capaces de infectar a humanos
secuencia de origen: la secuencia NCBI Ref se ha publicado, sólo estamos usando una de las seis especies.

Sec lista relacionado

Múltiples alineamientos de secuencias de los principios y métodos

herramientas relacionadas

1. ClustalX / W (el primero es una interfaz gráfica, que es la interfaz de línea de comandos)
2. herramienta de T-Café
3. Herramientas Multalin
4. Herramientas Mafft
5. MEGAX Herramientas (Común)

Varios métodos de logros

1. Paquete no ponderado método de la media (par no ponderado Método Grupo con media aritmética, UPGAM )
2. método evolutivo mínima (Evolución mínimo, ME )
3. El método de mínimos cuadrados (Mínimos Cuadrados, LS )
4. Vecino a participar (vecino a participar, NJ )

De hecho, las anteriores cuatro métodos pertenecen método de la distancia , es decir, mediante el cálculo de la distancia evolutiva entre especies como la base para la contribución.
De hecho, hay un dominio de clase logros: método características Métodos basados en caracteres , en el que el primer salto en el pasado, mirar hacia el futuro (la excavación ing).

práctica

Muscle & ClustalW

Varias herramientas en el anterior EBI en el sitio ha publicado (de hecho, también hay una gran cantidad de herramientas que se pueden aplicar múltiples secuencias de alineación), utilizamos ellos MÚSCULO + método ClustalW método + MAFFT método para obtener directamente una contribución final resultados.

Enlaces:
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

La visualización de los resultados

Músculo: herramienta precisa MSA, especialmente bueno con proteínas. Adecuado para alineaciones y medianas.

ClustalW: Nueva herramienta de MSA que los usos sembraron árboles de guía y técnicas perfil perfil HMM para generar alineaciones. Adecuado para alineaciones medianas y grandes.

MSA herramienta que utiliza Transformada rápida de Fourier: MAFFT. Adecuado para alineaciones medianas y grandes.

后面两个的结果相近,可能更加接近真实情况.

texto newick

# Muscle
(
(
KP198610:0.22253,
(
NC_002645.1:0.16531,
MK334047.1:0.15607)
:0.08099)
:0.01856,
NC_019843.3:0.22538,
(
NC_045512.2:0.09935,
NC_004718.3:0.10340)
:0.11661);

# ClustalW
(
(
NC_019843.3:0.23351,
(
NC_045512.2:0.09863,
NC_004718.3:0.10330)
:0.12454)
:0.02357,
KP198610:0.23317,
(
MK334047.1:0.16005,
NC_002645.1:0.16886)
:0.09141);

# MAFFT
(
KP198610:0.23000,
(
MK334047.1:0.15815,
NC_002645.1:0.16536)
:0.08813,
(
NC_019843.3:0.22966,
(
NC_045512.2:0.09772,
NC_004718.3:0.10361)
:0.12929)
:0.03177);

MEGAX local

proceso de construcción

gráfico de TB; Align -> Input_integrated_fasta; Input_integrated_fasta -> Align_by_ClusterW; Align_by_ClusterW --takes_long_time -> Phylogenetic_analysis_in_Data_option; Phylogenetic_analysis_in_Data_option -> Compute_pairwise_distance_in_Distance_option;

matriz de distancia y viene logros

Logros Manual resultados

Acerca del formato newick